ABI3500操作手册基因测序.docVIP

3500/3500XL简易操作手册 1. 空间定位和光谱校正 1.1 设置Dye Set 进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。 1.2 空间定位 进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。 1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。95℃加热3 min ，立即冰浴 3 minC、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。它不需要编写protocol、run module等软件栏目及其相应参数设置，直接按照仪器默认的参数进行即可，因此操作更为简单、快捷。 2. 软件参数设置 2.1 创建Instrument Protocol 进入library界面，选择Instrument Protocols菜单，点击Create。按下图所示选择或设置各个参数，设置完成后点击Save保存。注意将Protocol Name命名为“AGCU_E5_STR”，进样电压设置为3kv，进样时间可设置为6～ 2.2 创建Size Standard 进入library界面，选择Size Standards菜单，点击Create。在Size Standard中输入“AGCU_SIZ500”，Dye Color下拉菜单中选择“Orange”，在左侧对话框中依次输入75、100、139、150、160、200、300、340、350、400、450、490、500，每次输入结束后点击中间“Add Size”菜单即可将所输数字加入右侧对话框中。待全部输入结束后点击Save保存。 2.3 创建QC Protocol 进入library界面，选择QC Protocols菜单，点击Create。在Protocol Name中输入“AGCU_QC”，Size Standard下拉菜单中选择在2.2中已创建的“AGCU_SIZ500”，将Use Baselining改为38。其他参数均按下图所示进行设置，设置完成后点击Save保存。 2.4 创建Assay 进入library界面，选择Assays菜单，点击Create。在Assay Name中输入“AGCU_STR”，Application Type下拉菜单中选择“HID”，Instrument Protocol下拉菜单中选择2.1中创建的“AGCU_E5_STR”，QC Protocol下拉菜单中选择2.3中创建的“AGCU_QC”。待所有选项选择完成后点击Save保存。若第一步是从创建Assay开始，也可在该界面下点击“Create New”菜单，按照上文所述要求逐一创建新的Instrument Protocol、QC Protocol并将其保存至Library中，其效果与前面创建现在调用一样。 2.5 创建File Name Convention 进入library界面，选择File Name Conventions菜单，点击Create。在Name中输入“AGCU_Samplename”，其他参数按下图进行设置，也可根据个人喜好进行更改。注意在Select File Location中选择Custom File Location，可以先在硬盘新建文件夹，此处点击Browse进行选择。待所有设置完成后点击Save保存。 2.6 创建Result Group 进入library界面，选择Result Groups菜单，点击Create。在Name中输入“AGCU_Resultgroup” ，其他参数按下图进行设置，也可根据个人喜好进行更改。注意在Select File Location应与2.5中选择Custom File Location位置相同。待所有设置完成后点击Save保存。 2.7 创建Plate Template