《基于时序表达谱芯片挖掘鸡脂肪酸代谢关键调控基因》.pdfVIP

畜牧兽医学报 2013，44(12)：1882—1890 ActaVeterinariaetZootechnicaSinica doi：10．11843／}．issn．0366—6964．2013．12．004 基于时序表达谱芯片挖掘鸡脂肪酸代谢 关键调控基因 王洪志，常国斌 ，马 腾 ，翟 飞，夏明秀，刘 璐 ，陈 静 ，徐 璐 ，陈国宏 (扬州大学动物科学与技术学院，扬州 225009) 摘 要 ：不同脂肪酸的代谢产物决定了鸡肉风味的差异，找出影响鸡肌 肉组织 中脂肪酸代谢 的关键调控基 因对提 高肉品质以及对优质 肉鸡新 品系选育具有重要意义。本研究对 KEGG和 Wikipathway数据库 中脂肪酸代谢 网络 进行整合分析 ，挖掘鸡脂肪酸代谢的关键基因，通过 GeneSpring筛选 出不 同周龄 的肌 肉组织 中表达谱芯片与关键 基因共表达的差异基因(Pearson相关系数≥0．9)，然后导人Cytoscape进行共表达网络分析，最后进行跨物种检索 关键调控基因功能，得到鸡肌 肉组织 中脂肪酸代谢 的节点基 因和相关通路。结果表 明，Ep300、Traf2和 Pakl等 基因是影响鸡肌肉中脂肪酸代谢的节点基因，MAPK通路、ErbB通路和 Herpessimplexinfection通路可能是肌肉 中脂肪酸代谢调控 的关键通路 ，该结果为研究家禽肌 肉中脂肪酸代谢的分子机制和进一步筛选优质肉质基 因提供 了基础资料 。 关键词 ：脂肪酸 ；表达谱芯片；节点基 因；调控通路 中图分类号 ：$831．2 文献标志码 ：A 文章编号：0366—6964(2013)12—1882—09 M iningKeyGenesofChickenFattyAcidMetabolism BasedonTimeSeriesM icroarray WANG Hong-zhi，CHANG Guo-bin ，MA Teng，ZHAIFei，XIA Ming-xiu， LIU Lu，CHEN Jing，XU Lu，CHENGuo-hong (CollegeofAnimalScienceandTechnology，YangzhouUniversity，Yangzhou225009，China) Abstract：Fattyacidmetabolicproductsdeterminetheflavorofchickenmeat．M iningkeygenes regulatingfattyacidmetabolism hasveryimportantsignificanceforimprovingmeatqualityand breedingnew highqualitybroilerlines．ThedatabasesofKEGG andW ikipathwaywereusedto analyzefattyacidmetabolicnetworks，tofind thekey genesregulating fattyacidmetabolism． Thedifferentialgeneswith CO—expression ofkey genesinmicroarray inthighmuscleofchicken withdifferentageswerefilteredbyGeneSpring(Pearson correlationcoefficientover0．9)，then importedtoCO—expressionnetworkbyCytoscape．Finally，thefunctionsofkeyregulatorygenes werefoundbyacross—speciesretrieval，thenodegenesandrelatedpathwaysoffattyacidmetabo— lism wereminedinchickenmuscletissue．TheresultsshowedthatEp3oo，Traf2andPaklwere nod