蛋白质结构与功能及研究方法(更新版）.ppt

复旦大学生物化学系 黄伟达 为什么研究蛋白质的结构与功能 对蛋白质结构和作用机理的深层次理解 对蛋白质结构进行改造的基础 对蛋白质功能的控制 “随心所欲”创造具有新功能的蛋白质 血红蛋白（Hemoglobin, Hb) Hb (Mr 64500)几乎呈球形(d=5.5 nm)，四聚体，每个亚基含一个血红素(heme)辅基，2个?亚基 (141 AAs) 和2个?亚基 (146 AAs)。亚基的三维结构相似(与肌球蛋白的一致)。 血红蛋白的四级结构显示了不同亚基间强的相互作用。?1?1界面 (?2?2) 间存在强相互作用，即使用尿素处理，得到的是完整的??二聚体，界面间是明显的疏水作用，但也存在许多氢键和一些离子对作用。 结合氧后引起结构改变 血红蛋白有两个主要的构象：R态(relaxed)和T态(tense)，氧可以与两种状态结合，但对R态的亲和力更大。无氧结合时，T态更稳定，表现出去氧血红蛋白的主要的构象。T态因更多的离子对作用更为稳定，其中的多数存在于?1?2（及 ?2?1)界面间。氧与Hb一个亚基的T态结合，引起构象改变为R态，当整个蛋白质发生这样的构象改变，单个亚基的结构几乎没有改变。但??亚基对相互滑动和旋转，使得?亚基间的口袋变窄。这一过程中，稳定T构象的一些离子对被打破，同时产生一些新的离子对。 氧与血红蛋白的结合受2,3-二磷酸甘油酸（BPG）的调控 2,3-二磷酸甘油酸(BPG)与Hb的作用表现为一种向异性的变构调控行为。红细胞中BPG的浓度相对较高。BPG能大大降低Hb对氧的亲和力。 HbBPG + O2 HbO2 + BPG BPG结合Hb的位点与氧的不同，可以调控肺中与氧分压相关的氧与Hb的亲和力。高纬度时，BPG对于较低氧分压的生理适应起着重要作用。健康人体在海面上能释放40%的氧进入组织，如果被迅速转移到4500米的山上(pO2低)，其向组织释放氧的能力降低。几个小时后血液BPG的浓度上升，降低Hb与氧的亲和力，这种调节对于肺中氧的结合影响不大，但对组织中氧的释放影响很大，可以恢复释放血液携带氧的40%进入组织。 X-Ray衍射 NMR (核磁共振) Molecular Modeling Mutation/Function (分子生物学) 内 容 1、免疫体系中分子间的识别机制 2、DNA与蛋白质的相互作用 3、蛋白水解酶与疾病 4、膜蛋白、受体与信号转导 5、酶抑制剂与药物开发 6、新技术与新方法 免疫体系分子的相互识别 Helper T cell--免疫体系的关键细胞 Killer T Cell--保卫我们的主要战士 主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex，MHC) 早期从组织器官移植实验中发现，也是当今免疫遗传学的主要内容。已发现，在人群或同种动物不同个体间进行皮肤移植时出现的排斥反应，具有记忆性、特异性和可转移性等免疫反应的基本特征，故从廿世纪40年代起就确认移植排斥反应是一种典型的免疫现象。引起排斥反应的抗原称移植抗原(transplantation antigen)或组织相容性抗原(histocompatibility antigen)。此等抗原存在于细胞表面，无器官特异性，不同个体间其抗原特异性互不相同，但同卵双生及纯系动物不同个体之间，其抗原特异性完全一致。 MHC I Ⅰ类抗原分子顶部α1和α2区组成的抗原肽结合区呈沟槽状结构，α1和α2区各含4股β片层和1个α螺旋，呈对称排列而连接成一个沟槽，β片层组成槽底，其两侧由α螺旋组成。沟槽大小为2.5nm×1.0nm×1.1nm，可容纳8-12个氨基酸残基组成的短肽。沟槽内氨基酸变化大，是Ⅰ类抗原多态性的基础。虽然抗原肽与Ⅰ类分子的结合有一定的选择性，但并不像抗原与抗体那样高度特异地结合，只要被结合的多肽有2-3个关键的氨基酸能恰当地连接到沟槽内的多肽结合基序(binding motif)的相应位置上，多肽即可与之结合，并被运送到细胞表面递呈给T细胞。所以每个Ⅰ类抗原分子能与一定广度的多肽谱结合。 蛋白质与DNA的相互作用 DNA-蛋白质相互作用的化学键 1、氢键:具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。 2、疏水键：暴露于大沟侧缘的T-CH3基团是疏水性的，可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。 3、离子键：蛋白质的带电的氨基酸残基的侧链与DNA分子上的带电基团形成离子键。 组蛋白（Histone) 组蛋白（与DNA非特异性结合） 组蛋白带正电荷，含Arg、Lys，碱性蛋白，含量恒定，真核细胞中组蛋白共有5种，分为两类：一类是高度保守的核心组蛋白（core histone