对具有复杂结构伪扭结RNA组合分析.pdf

中文摘要 中文摘要 在特殊的条件下，自然界会产生出许多具有复杂结构的如不交伪扭结核糖 核酸链(RNA链)。由于这类RNA链的特殊性，使得对它们的计数、预测和预 测算法分析成为一项具有挑战性的课题。本文分别研究了两种典型的具有复杂 结构的“不交伪扭结RNA链。全文结构如下。 第一章，从RNA发展历史角度出发，介绍了本文的研究背景以及研究课题 的意义，并简要介绍了本文的主要研究成果。 第二章，详细介绍了相关基本概念。主要包括： 1．RNA的构造。其中包括RNA二级结构和伪扭结结构的定义以及RNA 内部的子结构的定义等。 2．符号计数。这是研究RNA结构计数的重要工具，本文中重要的生成函 数都是通过符号计数方法得出。 3．组合分析。研究KNA结构计数的渐近逼近以及RNA子结构的分布都需 要组合分析的技术支持。我们较详细地介绍了D．有限、P．递归、奇异点 分析、概率分布分析等运用在本文中的组合分析方法。 第三章，研究了一种称作模块化足．不交表的RNA复杂结构。这样的结构频 繁出现在KNA预测当中，但是对这类结构的预测要比以往要复杂的多。为了弄 清楚它的结构以及预测这种类型的RNA的算法复杂度，我们采用了全新的方法 对具有模块化肛不交表结构的RNA进行了计数和渐近分析，这些方法包括构造 子结构、子结构的递归、微分方程求解辅助生成函数、V七一形求解模块化肛不交 表生成函数、渐近分析。最终我们得出重要结论：Qk(n)是具有九个节点的模块 l 中文摘要 化b不交表的个数，当n趋于∞时，我们有 Qk(n)一ckn一((七一1)2+(七一1)／2’(行∽k≥3， 其中住是方程O(z)=露的最小正实根，Ck为某正的常数。 第四章，研究了一种称作“骨架”的红不交RNA复杂结构。该结构是从黄 文达的3．不交RNA预测算法——折叠算法(foldingalgorithm)中衍生出来的重 要结构。算法中首先建立一个“骨架树”(skeleta-tree)，树上的每一个叶子都 是一个骨架结构，然后根据骨架结构的性质对RNA进行预测。由于树的结构 很复杂，原文只是用实验数据验证了生成骨架结构的算法复杂度。本章我们给 出了严格的证明并得出结论：对于具有九个节点的典范3．不交骨架结构的个数 sP(，1)，当，l趋于无穷大时，我们有渐近逼近 s笋(九)一CYn一5(町-I)九， 的统计性质，根据它们的双变量生成函数证明了关于弧分布的中心极限定理， 由这一结果可以估计随机生成的典范3．不交骨架结构的弧的数量。 关键词：伪扭结RNA，如不交，匹配，模块化表，骨架，符号计数，生成 函数，口有限，P-递归，奇异点分析，中心极限定理。 Abstract Abstract Thereexists many RNA complicatedk-noncrossing structuresinna． pseudoknot turebasedonsome conditions．The special characteristicofRNA special structures US in givesgreat the challenges andthe researching