《SH3结构域序列集的统计耦联分析 Statistical Coupling Analysis of a SH3 Domain Sequence Set》.pdfVIP

SH3结构域序列集的统计耦联分析 徐海松 李晓琴 曾 毅 北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100124 摘要：基于蛋白质可折叠性和热稳定性具有长程相关性 （即耦联性）的事实，使用改进的统计耦联方法分析了 SH3结构域序列集中存在的耦联性信息.结果表明统计耦联方法采用的保守性统计能量可以较好地评估SH3 结构域序列集的位点保守性，具有高平均耦联能量的位点可以基本上对应一些结构或功能上具有重要意义的 位点.对统计耦联数据的一些位点扰动个案分析揭示出SH3结构中包含非紧邻扰动和紧邻扰动模式.统计耦 联方法结合聚类重排可以对SH3折叠型序列群体中结构核心与非结构核心的位点进行区分，甚至可以区分其 中几个功能相关位点的细节差异.SH3结构域中包含了一系列的扰动模式，不同的扰动模式涉及不同的位点组 合;各种扰动模式通过一些共有的扰动位点和扰动响应位点相互影响，并最终决定结构中各位点的耦联响应模 式.这些耦联信息对于理解蛋白质的序列与结构和功能的关系，以及设计新的蛋白序列有潜在价值. 蛋白质功能;蛋白质稳定性;扰动模式;耦联响应模式;残基共进化 O641;Q61 StatisticalCouplingAnalysisofaSH3DomainSequenceSet XUHai-Song LIXiao-Qin ZENG Yi 2011-04-19 2011-07-26 北京市自然科学基金(4092008,4112010)资助项目 2448 2449 2450 2451 2452 2453 2454 @@1. Kauzmann,W.SomeFactorsintheInterpretationofProtein Denaturation.InAdvancesProteinChemistry,AcademicPress: London,1959;Vol.14;p1. @@2. Anfinsen,C.B.;Haber,E.;Sela,M.;White,J.F.W.Proc.Natl. Acad.Sci.U.S.A.1961,47,1309. ProteinSci.2005,14,13. @@3. Levinthal,C.J.Chim.Phys.Phys.-Chim.Biol.1968,65,44. @@22 Lockless,S.W.;Ranganathan,R.Science1999,286,295. @@4. Onuchic,J.N.;Wolynes,P.G.Curr.Opin.Struct.Biol.2004, @@23. Suel,G.M.;Lockless,S.W.;Wall,M.A.;Ranganathan,R.Nat. 14,70.