系统发育树构建分析.docVIP

实习报告3：系统发育树构建与分析 ——Phylip方法，MEGA方法，MrBayes方法 学号 20090**** 姓名 ****** 专业年级 生命生技****** 实验时间 2012.6.15 时间 2012.6.17 实验目的： 学会使用Phylip，MEGA和MrBayes构建进化树； 学会分析建树结果，体会各种方法差异 实验内容： 1. 利用系统发育分析软件PHYLIP、MEGA、MrBayes分别对同源核酸序列和同源蛋白质序列构建系统发育树，分析比较建树结果。 2. 完成作业。 作业： 1. 利用实习1搜索到的五个以上物种的直系同源核酸和蛋白质序列（给出fasta格式第一行信息）,用Phylip软件，分别选择最大简约法，最大似然法和距离法（NJ, UPGMA, FM）构建进化树，要求bootstrap产生500个伪样本，分析核酸和蛋白质序列采用不同建树方法得到的进化树是否存在差异，试分析原因。 答： 直系同源核酸序列（calcium binding protein）： Homo_sapiens gi|315221156|ref|NM_002964.4| Homo sapiens S100 calcium binding protein A8 (S100A8), mRNA Pan_troglodytes gi|11