HLA-A基因进化及其云南独龙、傈僳和怒族HLA-Ⅰ类基因多态性的研究.pdfVIP

ftLA-A基因进化及云南独龙、傈僳丰u怒族HLA—I类基因多态性研究 IILA-A基因进化及 云南独龙、傈僳和怒族HLA-I类基因多态性研究 专业： 生物化学与分子生物学 硕士研究生： 胡青松 导师： 徐安龙教授 摘 要 人类主要组织相容性抗原系统(MHC)f11]白细胞抗原系统(HL吣是人类基因 组中多态性最高的区域，其编码的糖蛋白分子在人类免疫反应中起着至关重要 的作用。由于该区域独特的遗传多样性及人群特异性，HLA基因本身的进化以 及用HLA作为遗传标志研究人类的起源、迁移、融合等问题一直都是MHC研 究中的热点，本文的研究也主要是围绕这两个方向进行。 采用“长片段PCR扩增、杂合子克隆、测序后拼接”的策略，建立了12 SNP图谱，并获得15种单倍型数据。对HLA-A 个汉族个体的HLA-A全长4．3Kbp 全基因的多态性进行群体遗传学分析，发现在整个基因区域都具有相当高的多 态性，并且这种高度多态性具有跨物种分布的特点。另外，多态性分布不均匀， 外显子多态性普遍高于其侧翼的内含子，虽然中性检验未能检出偏离中性选择 的显著性差异，但是频谱分析显示具有平衡选择的特点，并发现是同时存在高 水平的中低频SNP导致了中性检验错判，推测是由于现代人大量继承了祖先的 古老世系，并在近期经历了人口的显著膨胀导致了这种情况． 系统发育分析显示所有序列可分成两个主要的世系，其中第二、三外显子 这段区域发生了较多的世系问重组事件，而其他区域则主要是世系内部的重组， 进化模式明显不同。通过ds，dn分析也发现不同区域具有不同的进化模式，各 内含子碱基替换率普遍低于外显子同义替换率，明显偏离中性模型。在第二、 H／AM牲冈进化及云南独龙、傈僳和怒族HLA-I类基冈多态性研究 三外显子，由于受到平衡选择，在搭载效应、基因重组和遗传漂变等一系列因 素影响下，第二、三内含子纯合度变得比外显子高。但在3’端外显子，由于没 有受到平衡选择，推测可能是由于其内含子、外显子间明显的的CpG含量差异， 造成内含子相对外显子具有较低的核苷酸突变率。 对独龙、傈僳和怒族的256个个体进行的HLA-A，…BC基因的第二、三 外显子进行遗传多态性研究。一共检出68种等位基因，其中19种HLA-A等位 基因、32种HLA-B等位基因和17种HLA．C等位基因。通过与其他族群间基因 频率数据进行比较及群体遗传学分析，发现傈僳和怒族基因频率分布相似，带 有明显的中国南方人群的特点，而独龙族则遗传背景简单，自成特色。考虑独龙 族相对隔离的居住环境及群体非常小，推测可能是遗传漂变造成该族目前特有 的频率分布特点。同属藏缅语族人群的傈僳和怒族，没有显示出北方起源的特 点，反而和中国南方人群遗传背景相似，推测藏缅语族人群的形成很可能有文 化扩散模式在起作用。在迁移过程不断与当地的原住民发生基因交流，同时先 进的氐羌文化占据统治地位并同化了当地的原住民“濮越人群”。所以在民族学 角度，我们看到这些民族的“氐羌起源”特征，忽略了当地的原住民“濮越人 群”对藏缅语族人群基因库的贡献。而正是由于这些基因交流导致了傈僳和怒 族其基因遗传背景与东亚南方群体相似的特点。 关键词：HLA，单核苷酸多态性，单倍型，多态性，分子进化，独龙族，傈僳 族，怒族，PCR-SBT，群体遗传学 Il HLA-A基因进化及云南独龙、傈傈和怒族HLA-I类基因多态性研究 ofHLA-AandHLA-I in Evolution polymorphism gene gene from threeethnicMinorities