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《12jghx-7理论与计算化学简介》.pdf

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《12jghx-7理论与计算化学简介》.pdf

第七章 理论与计算化学简介 理论与计算化学研究对象和应用  分子的结构和性质  化学反应机理  生物大分子的结构和性质  高分子的结构和性质  晶体的结构和性质  给体-受体相互作用 分子的结构和性质 化学反应机理 生物大分子的结构和性质 钾离子通道的结构 高分子的结构和性质 给体-受体相互作用 Ile523 COX-1 抗炎药物COX(Cyclooxygenase)-2抑制剂 Val523 COX-2 药物载体转运机制 药物脂质体在脂双分子层中的转运 计算化学方法  量子力学QM  从头算方法(ab initio) Hartree-Fock、MP2、CI、 MCSCF、CASSCF、CCSD(CCSDT\CISDT) ,etc.  半经验方法(semi-experience)  ZDO、CNDO、INDO、NDDO (MNDO\AM1\PM3)  密度泛函理论(DFT, density function theory) LDA\LSDA\GGA\ 杂化B3LYP \ACM 计算化学方法  分子力学MM  组合方法QM/MM  分子模拟MD、MC  介观模拟DPD  遗传算法GA(genetic algorithm)  神经网络NNs(NeuralNetworks) 常用计算化学软件  量子化学计算软件 Gaussian、Gamess、ADF 、Mopac etc.  分子力学、分子动力学和蒙特卡罗模拟软件 Amber 、Charmm、Gromos、NAMD、Tinker、 Hyperchem etc.  大型分子模拟系统 InsightII、Sybyl、Material Studio  其它常用软件 QSAR和分子参数计算软件; 药效团模拟软件(Catalyst\Receptor) ; 分子对接软件(dock\autodock\) ; 蛋白结构模建、预测、评估软件(protein)等。 计算过程 文献调研 当前实验和理论研究现状、已解决和尚未解决的问题 确定计算目的 采用理论方法要解决的问题 计算模型的构造 构型的确定,利用实验测定结果或软件构造 计算方法和程序的选取 根据现有计算条件、模型大小及要解决的问题, 选择可行的计算方法和相应程序 对计算结果进行加工和提取有用信息,一般包 计算结果的分析和整理 括构型描述、能量分析、轨道组成、电荷和成 键分析等,并与实验结果比较 基组(basis sets)  基函数的选择 基函数的选择对从头算结果影响很大,在模型设计正 确的前提下,基函数选择的好,结果就能预测几何构 型,或指出反应途径,解释实验现象…反之则很难作 为讨论依据。  从原则上讲,任何一组函数的完全集合都可选为基函 数。在实际计算中,使用较大基组若能较好地描写该 原子或分子体系,计算较容易达到预期效果,而较大 的基组需要较大的计算空间与计算时间。因此需综合 考虑。 基函数的种类  类氢离子波函数  Rn,l ( )Yl ,m ( , ) 1/2

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