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《12jghx-7理论与计算化学简介》.pdf
第七章 理论与计算化学简介
理论与计算化学研究对象和应用
分子的结构和性质
化学反应机理
生物大分子的结构和性质
高分子的结构和性质
晶体的结构和性质
给体-受体相互作用
分子的结构和性质
化学反应机理
生物大分子的结构和性质
钾离子通道的结构
高分子的结构和性质
给体-受体相互作用
Ile523 COX-1
抗炎药物COX(Cyclooxygenase)-2抑制剂 Val523 COX-2
药物载体转运机制
药物脂质体在脂双分子层中的转运
计算化学方法
量子力学QM
从头算方法(ab initio) Hartree-Fock、MP2、CI、
MCSCF、CASSCF、CCSD(CCSDT\CISDT) ,etc.
半经验方法(semi-experience)
ZDO、CNDO、INDO、NDDO (MNDO\AM1\PM3)
密度泛函理论(DFT, density function theory)
LDA\LSDA\GGA\ 杂化B3LYP \ACM
计算化学方法
分子力学MM
组合方法QM/MM
分子模拟MD、MC
介观模拟DPD
遗传算法GA(genetic algorithm)
神经网络NNs(NeuralNetworks)
常用计算化学软件
量子化学计算软件
Gaussian、Gamess、ADF 、Mopac etc.
分子力学、分子动力学和蒙特卡罗模拟软件
Amber 、Charmm、Gromos、NAMD、Tinker、
Hyperchem etc.
大型分子模拟系统
InsightII、Sybyl、Material Studio
其它常用软件
QSAR和分子参数计算软件;
药效团模拟软件(Catalyst\Receptor) ;
分子对接软件(dock\autodock\) ;
蛋白结构模建、预测、评估软件(protein)等。
计算过程
文献调研 当前实验和理论研究现状、已解决和尚未解决的问题
确定计算目的 采用理论方法要解决的问题
计算模型的构造 构型的确定,利用实验测定结果或软件构造
计算方法和程序的选取 根据现有计算条件、模型大小及要解决的问题,
选择可行的计算方法和相应程序
对计算结果进行加工和提取有用信息,一般包
计算结果的分析和整理 括构型描述、能量分析、轨道组成、电荷和成
键分析等,并与实验结果比较
基组(basis sets)
基函数的选择
基函数的选择对从头算结果影响很大,在模型设计正
确的前提下,基函数选择的好,结果就能预测几何构
型,或指出反应途径,解释实验现象…反之则很难作
为讨论依据。
从原则上讲,任何一组函数的完全集合都可选为基函
数。在实际计算中,使用较大基组若能较好地描写该
原子或分子体系,计算较容易达到预期效果,而较大
的基组需要较大的计算空间与计算时间。因此需综合
考虑。
基函数的种类
类氢离子波函数
Rn,l ( )Yl ,m ( , )
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