不同自然环境下噬藻体g20基因多样性研究进展-论文.pdfVIP

MIn--ReView _I重霍譬宣冒E重一 微生物学报 ActaMicrobiologicaSinica 53(11)：1149—1157；4November2013 ISSN0001—6209；CN11—1995／Q http：／／journals．im．ac．cn／actamicrocn 不同自然环境下噬藻体 g20基因多样性研究进展 荆瑞勇 ，MakotoKimura，王光华 中国科学 院黑土区农业生态重点实验室 ，中国科学院东北地理与农业生态研究所 ，哈尔滨 150081 中国科学院研究生院，北京 100049 黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院，大庆 163319 GraduateSchoolofBioagriculturalSciences，N g。yaUniversity，Furocho，Chikusa，Nagoya464—8601，Japan 摘要 ：随着分子生物学技术发展与病毒基因组测序的推进 ，对地球上数量最大且广泛存在的病毒及其基因多 样性的研究备受科学家们关注。迄今为止 ，仍未发现类似于细菌 16SrDNA和真菌 18SrDNA的病毒通用分 子标记 ，但利用病毒某些家族的保守氨基酸序列设计简并性引物可研究环境中病毒多样性 ，并取得了一系列 突破性成果。本文 以编码噬藻体壳组装蛋 白基 因g20为 目标 ，综述了噬藻体在海洋、湖泊和稻 田中噬藻体基 因多样性 的研究进展 ，讨论了噬藻体 g20基因分布与生存环境的相关性 ，发现不 同的自然环境 中都存在着独 特的类群 。同时指 出了针对环境 中噬藻体 g20基因研究存在 的问题及未来研究发展 的趋势。 关键词 ：噬藻体，g20基因，病毒生态，海洋 ，湖泊 ，稻 田 中图分类号 ：Q938 文献标识码 ：A 文章编号：0001．6209(2013)11—1149-09 病毒是地球上最为丰富的生命体 ，它在 自然环 直接 PCR扩增 出不同噬菌体家族基 因序列 ，进而对 境中丰度大 ，且多样性丰富，引起世界各国科学家们 自然环境 中噬藻体遗传多样性及系统进化等方面进 的兴趣…。病毒通过裂解其寄主来调节环境 中微 行研究。这些基 因包括编码噬藻体壳组装蛋 白的 生物的物种多样性 、群落分布及群落结构 ，影响地球 g20基 因 、T7型噬菌体 DNA合成酶 pol基 因 、 生物圈营养物质循环 ，在生物地球化学循环中起 到 噬藻体编码光合蛋 白Dl的psbA基 因 以及 T4型 重要的作用 I4。与环境中其它有细胞结构的微生 噬菌体主要壳蛋 白的g23基 因 。前文对 自然环 物遗传多样性不同，对环境 中病毒基 因多样性的研 境中T4型噬菌体 g23基 因多样性研究进展 已进行 究困难很大。因为到 目前为止 ，尚未在病毒中发现 了综述 ，本文 以编码噬藻体衣壳组装蛋 白基 因 诸如原核生物 16SrDNA和真核 18SrDNA 的共有 g20为分子标记 ，综述近年来海洋 、湖 自和稻田等环 保守序列 ，用于遗传多样性研究。但最近研究发现 ， 境中噬藻体该基因多样性 的研究进展 ，目的进一步 一 些噬菌体家族的结构或功能蛋 白质氨基酸片段序 明晰噬藻体的生态学作用及其与寄主的关系 ，促进 列高度保守 ，利用这些保守序列设计简并性引物 ，可 藻类病毒生态学研究发展。 基金项 目：国家 自然科学基金 31300425)；中国科学 院 “百人计划”项 目 通信作者 。Tel：+86-451Fax：+86-451E-mail：guanghuawang@hotmail．COB；wanggh@neigaehrb．ac．cn 作者简介 ：荆瑞勇(1978一)，男，内蒙古人，博士研究生，讲师，主要从事微生物生态研究。Tel：+86-451E-mail：jry_2002@126 tom 收稿 日期 ：2013-03-08：修回 日期 ：2013-04—18