农药及其超分子化合物构性关系的分子模拟的研究.pdf

摘 要 作为具有计算化学和图形化特点的理论研究方法，分子模拟(Molecular Modeling) 已经在化学研究领域广为应用，并有了很大发展。将分子模拟方法有效地应用到超分 为高效、低毒和环境友好的新农药的创制具有重要的意义。 本文主要进行了以下三个方面的工作： 一、芳胺甲烯基二氢毗哺二酮类杀菌剂的催化氢化反应的机理研究。 ／ ／通过对反应过程中各驻点的生成热、静电荷、键序、前线轨道能量的计算和分析、 ＼ 中间过渡态的寻找和振动频率分析确认以及相应的IRC计算，探讨了反应物结构与 反应活性位点、反应中间体稳定性以及反应选择性之间的关系。得出以下结论： (1)芳氨甲烯基．5，6．二氢．2H一吡喃．2，4．二酮类化合物氢化反应存在两种机理。 当吡喃环上6位为烷基取代的化合物，催化氢化反应按机理1进行，不仅发生了 碳碳双键的氢加成反应还同时发生了催化氢解反应，两步均为低能垒放热反应，而且 第二步反应更容易发生，因此反应一旦开始，就会进行到底。 当6位为苯环取代时，催化氢化反应中自由基首先进攻2位上羰基氧原子，最终 造成C—O键断裂，得到开环产物。 (2)研究指出决定反应选择性的关键因素是第一步反应的中间体自由基的稳定性， 即6位取代基对中间体自由基稳定性的影响。 应用这一结论，一方面对于二氢毗喃二酮化合物，可以通过设计调整6位取代基 对自由基中间体的稳定能力来控制反应发生的途径，得到预想的产物；另一方面对主 体结构略有变化的反应物可以通过相对比较简单的计算方法，直接比较沿两条反应途 径建造的第一步反应中间体自由基的能量来预测反应方向和最终的产物0 二、氰基丙烯酸酯类除草剂的结构活性关系(QSAR)研究． 一1在受体模型未知条件下，应用分子力学、量子化学方法研究了氰基丙烯酸酯类除 草剂的结构特征，并且应用分子动力学模拟研究了化合物在溶液中的构象行为。本文 首次指出氰基丙烯酸酯类除草剂的活性构象是溶液中存在几率最大的构象，并且主要 药效部位是丙烯酸酯骨架。研究结果表明，折叠构象能拥有较低的几何能量和较强的 果为r2cv=0．729，非交叉验证(no 单晶结构做模板的研究结果，运用CoMFA模型预测的多个高活性先导化合物经初步 合成生测，结果显示均具有良好的除草活性。在此基础上，本文还提出了可能的受体 作用模型，并运用模型解释了一些结构活性关系问题。1 三、分子模拟方法研究Sehiff碱型B．环糊精衍生物对L／D氨基酸的手性识别，为研究 农药化合物与受体的相互作用和分子识别做理论准备。 一r通过应用静态优化计算模拟了不同客体分子进入修饰环糊精主体的动态过程，研 究中我们提出了一种环糊精几何腔口参数，它能方便准确的描述修饰环糊精主体分子 的结构变化。研究结果表明，主客体之间的相互作用能是决定包结配合物形成及稳定 的关键因素，而相互作用能的大小主要取决于主客体之间的几何和静电匹配程度，因 而客体分子的结构、极性、进入方向以及主体分子的侧臂的组成、结构和空间排布等 对包结过程乃至主客体之间的分子识别都有明显影响。 运用分子动力学模拟研究了苯二胺修饰B环糊精与手性氨基酸包结配合物在溶液 中的行为。通过对不同的主体分子与系列手性脂肪氨基酸包结物的对照研究发现，溶 液中包结配合物的稳定性在一定程度上主要取决于客体分子的疏水性。在体积大小允 许的范围内分子中疏水性基团多的客体分子能够在空腔中稳定存在，而亲水基团多的 客体分子容易被排除空腔。包结配合物低能构象中主客体之间处于几何互补、静电性 7 y 质最佳匹配状态。客体分子一般采用疏水基团在空腔内，而亲水基团伸向环外的取向07 关键词：分子模拟，结构性能相关(司弹母Qs啾：二氢吡喃一2，4·二酮，氰基丙烯酸 酯，修饰环糊精，反应机理，分子识别，催化氢化，、比较分子立场分析(CoMFA)， 过渡恣，内禀反应坐标。 Abs