MathematicalModelingofMacromolecularMachineries.PDF

大分子机构的数学建模 ZHANG Gong ZHANG Gong Translatomics Translatomics March 2012 March 2012 大分子机构 (Macromolecular machinery) 3 rRNAs + 55 proteins Glycerol Lactose permease Prokaryotic ribosome (70S) 92 Da 47 kDa 3000 kDa 0.6 nm 4 nm 21 nm 大分子机构承担着细胞内重要的功能 许多细胞内的关键过程完全依赖大分子机构 translation transcription translocation 两大类数学建模方法 • 连续模型 (Deterministic model) – 基于物料衡算原理 – 使用微分方程组 – 描述大量微粒的平均行为 • 离散(随机)模型 (Stochastic model) – 离散模拟 – 描述单个微粒的行为 – 通常需要很大的计算量 The basics of deterministic modeling 连续模型基础 连续模型基础：物料衡算 物料衡算方程: synthesis consumption S dS v v dt synthesis consumption 细胞内常见的动力学方程: • Michaelis-Menten 动力学 (酶促反应) • 结合/解离 动力学 例子：翻译延伸阶段 Elongation Ribosome factor AA‐tRNA ternary complex (AA‐tRNA‐EF‐GTP) ~70kDa tRNA regeneration passive diffusion