第06章 蛋白质分子设计.pptVIP

第六章 蛋白质分子设计 本章主要内容： 1. 蛋白质分子设计的目的； 2. 蛋白质分子设计原理； 3. 蛋白质分子设计的主要途径； 4. 蛋白质分子设计的主要步骤。 蛋白质分子设计涉及到的重要技术： 1. 在蛋白质设计开始之前，要对所要求的活性进行筛选。由于真菌与细胞相对容易处理，因此，它们是一个生物活性物质源。 2. 由于基因工程的发展，真核基因表达技术的发展使动物蛋白质与植物蛋白质的数目迅速增长，又增加了新的生物活性物质源。 即：目的基因表达方法的选择与确定。 3. 蛋白质提取与纯化后需要进行细致的表征，测定它们的序列、三维结构、稳定性、生物活性等。 结构与功能的容忍度 五、蛋白质工程的基本问题与困难 * 左为PrPC； 右为PrPSC 一、蛋白质分子设计的目的 1.探索蛋白质结构层次之间的相互关系； 2.探索蛋白质结构，特别是立体结构的形成规律； 3.探索蛋白质折叠的分子机理； 4.为蛋白质结构与功能的关系研究提供手段； 5.改造天然蛋白质的结构，获得符合需要的蛋白质； 6.为创造全新的蛋白质奠定基础。 二、蛋白质分子设计原理 1. 内核假设：蛋白质内核中侧链的相互作用决定其独特的折叠形式。内核是指蛋白质在进化中保守的内部区域。在通常情况下,内核由氢键连接的二级结构单元组成。 2. 所有蛋白质内部都是密堆积（很少有空穴大到可以结合1个水分子或惰性气体），并且没有重叠。因为：分子是从内部排出的；原子间的伦敦色散力。 3. 所有内部氢键都是最大满足的，包括主链和侧链。 4. 疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及与不可及的表面。 5. 在金属蛋白质中，配位残基的替换要求满足金属配 位几何。在金属周围放置适当数目的蛋白质侧链或 溶剂分子，并符合正确的键长、键角及整体几何。 6. 对于金属蛋白质，围绕金属中心的第二壳层的相互 作用是重要的。因为大多数配基含有一个以上的基 团，除与金属离子形成配位键以外的基团之间或与其他氨基酸侧链之间形成氢键。如组氨酸。 7. 最佳的氨基酸侧链几何排列。包括排列顺序、优势 构象。 8. 结构及功能的专一性。这是蛋白质分子设计最困难的问题。 4. 专一性突变体是蛋白质设计成败的关键。一些新 技术，如PCR及自动化技术的发展使各种类型的 基因工程变得快速、容易。 5. 计算机模拟技术在蛋白质设计循环中占有重要位 置。建立蛋白质三维结构模型，确立突变位点或 区域以及预测突变后的蛋白质的结构与功能对蛋 白质工程是至关重要的。 但应注意，在明确突变位点或蛋白质序列应改变的区域后，可以进行定位突变，但要得到具有预期结构与功能的蛋白质是极其困难的，可能需要经过几轮的循环。 编码氨基酸的分类： 非极性氨基酸（ 8种）：Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Trp、Met和Pro 极性氨基酸（12种）： 不带电极性氨基酸：Gly、Ser、Thr、Cys、Tyr、Asn和Gln 带电极性氨基酸：带正电荷极性氨基酸： Arg 、His和Lys 带负电荷极性氨基酸： Asp和Glu 参考第二章中有关20种氨基酸的结构（侧链的不同）！ 倾向于形成α-螺旋的氨基酸： 对已知蛋白质结构进行大量的分析表明，氨基酸形成α-螺旋的倾向性不同。 强烈倾向于形成α-螺旋的氨基酸有：Ala、Glu、Leu、Lys和Met。 非常不利于形成α-螺旋的氨基酸有：Pro、Gly、Tyr和Ser。 举例：抗菌肽的结构与功能 三、蛋白质分子设计的主要途径 包括基于天然蛋白质结构的分子设计、蛋白质从头设计及计算蛋白质设计。 计算机模拟 基因构建 功能分析 突变蛋白产品 蛋白质分子设计循环 科研楼 （一）基于天然蛋白质结构的分子设计 以天然蛋白质的分子结构及功能（稳定性）知识为基础。 （PDB及相关数据库可提供大量参考信息） 首先对其进行不同方式的理论改造，并借助于计算机模拟技术，推测其可能的改造后的结构与功能。 然后用基因工程技术或人工合成技术获得这种改造后的新蛋白质，并用实验的方法测定其结构及功能。