蛋白质折叠结构的氨基酸配对的统计及数据库构建.pdfVIP

中文摘要 中文摘要 蛋白质的三维空间结构在蛋白质功能研究中具有重要作用。从蛋白质一级 序列预测蛋白质的二级结构是预测蛋白质三维空间结构和理解蛋白质折叠机制 Server数据库管理系统，将蛋白质二级结构预测研究的 的关键步骤。基于SQL Information 了一个IIS(Intemet 白质二级结构预测样本集有效地组织起来，实现了规范化、结构化管理，便于 存储、检索和分析数据，减少错误的发生。通过该数据库可以提取供蛋白质二 级结构预测研究的样本、序列转换、变换编码以及分析评价预测结果等，取代 许多传统的依靠编程处理文本文件的烦琐工作，大大提高效率，促进工作的开 展。 蛋白质二级结构可以成为预测蛋白质三维空间结构和理解蛋白质折叠机制 的基础和起点。因而，从已知结构的蛋白质中尽可能多地挖掘出二级结构蕴含 的潜在信息和规律，就显得_卜‘分必要。0折叠结构是重要的二级结构类型之。…， 在这种结构中，相邻折叠股片段上的氨基酸形成两两配对。为了探索股片段之 Server2000系统构建了 间的相互作用关系，收集整理了这些配对，并基于SOL 于网络的查询。 了配对规律。结果表明，20种氨基酸在整体上具有配对亲和倾向，疏水作用在 B折叠结构的形成中也具有非常重要的作用。基于统计结果，还计算出了一套 氨基酸配对亲和值。本研究的结果可为今后蛋白质三维空间结构预测以及蛋白 质二级结构折叠机制的研究带来一定帮助。 从氨基酸配对统计分析的结果出发，探索了股片段配对的算法，提出了一 种算法思路，并开发了一些软件和程序以辅助算法的开发。虽然目前尚未开发 出十分完善的算法，但前有的工作基础表明该领域具有广阔的前景。 Server2000，构 在前期若干生物信息数据库构建工作的基础上，基于SQL 建了一个神经信息学数据库——脑电数据库系统，并也为其配置了一个IIS服 中文摘要 务器用于网络查询。以临床脑电数据为例，该数据库不仅存储了病例信息，还 将脑电数据及其注释结构化和规范化为数据库的表的形式。这与通常的采用文 本文件的存储方式不同，它能够充分发挥关系型数据库的强大优势，为存储、 检索和分析数据带来最大程度的方便和灵活性，减少错误的发生。 为有效管理神经信息学研究的多种算法、方便用户调用，开发了一个“生 物数据分析平台”软件，该软件可展示生理信号数据，并集成多种算法，通过 平台可直接调用算法进行数据分析。软件还允许用户白行添加、删除算法等。 生物计算一般是大规模、高通量并且十分费时的过程，因而在编程实现生 物计算算法或在开发生物计算软件时，设计向用户指示处理进度的功能就十分 必要。本文在前期软件开发和程序设计的工作基础上，总结出一套指示处理进 Basic语言开发了一种比一般进度条控件更强大的指 度的方法，并基于Visual 示进度窗体，封装了常用的与指示进度有关的功能。该程序模块具有很强的通 用性，并且接口十分简单——主调程序只需简单的几行代码即可调用。该程序 模块可以成为开发生物计算程序或软件的得力助手和强大工具。 关键词：蛋白质结构氨基酸配刘‘数据库软件神经信息学 Abstract Abstract in Protein structureanessentialrole functions． tertiary plays decipheringprotein Predictionofthe structureofa fromitsaminoacid se