采用ionproton系统和ionampliseqtm技术的快速外显子组测序.pdfVIP

应用注释 Ion外显子组测序 ® 采用ION PROTON 系统和 TM ION AMPLISEQ 技术的快速外显子组测序 • 配备A m p l i S e q ™ 外显子组试剂盒的I o n 外显子组测序揭示重要的遗传变异 Proton® 系统能够最大限度地降低成本和外 虽然全基因组测序(WGS)有望彻底改变医学研究和人类的卫生保健，但数据分析的障碍加上 显子组测序的复杂性，在两天内即可实现约 WGS的费用仍促成外显子组测序的发展和成功运用。外显子组测序通过靶向所有基因组编码 294,000个扩增子的富集和测序 区的富集策略而询问可解释的部分基因组。外显子组测序有效地发现了WGS广度之间的中间 • A mpliSeq™技术的力量能够在10×覆盖度时 地带，出于其数据分析的限制及符合成本效益的需要，因而与WGS相比，所需原始测序数据 提供94%高均匀度的碱基命中靶标率，甚至 估计有10至20倍的降低[1, 2 ]。 每个Ion PI™ v2芯片可达两个外显子组 • 简单生物信息学采用Torrent Suite™软件的点 对于遗传研究人员而言，外显子组测序能够识别负责孟德尔疾病以及能够解释复杂疾病遗传 击式(point-and-click)运行设置和数据分析结 性的罕见原发性突变的单核苷酸变异体(SNVs)和小插入或缺失(indels)[3]。外显子组测序已经 合Ion Reporter™软件的外显子组特定工作流 被证明是一项强大的发现工具，能够揭示一些发育障碍、神经系统疾病、代谢性疾病、遗传 程，能够通过三人组分析完成高置信度的功 性视力减退、血液和淋巴系统缺陷的致病突变。此外，外显子组测序还对癌症的遗传基础提 能缺失变异体的鉴定 出了基本观点。 大规模多重扩增子测序的力量 当试图发现已知和未知病因的疾病已知和罕见的变异体时，Ion Torrent提供了从全基因组至 靶向基因组的连续全基因组测序解决方案。这种灵活性的基础是Ion AmpliSeq™技术，这是一 种大规模的多重PCR扩增方法，该法可采用免费的分析设计工具Ion AmpliSeq™设计师进行定 制，用于创建引物库，以靶向人类基因组内任意感兴趣的区域。此外，有各种现成可用的检 测板，如Ion AmpliSeq™癌症热点检测板v2和Ion AmpliSeq™综合癌症检测板(CCP) ，这些检 测板可分别用于50及400个癌基因和抑癌基因的靶向测序。对于更集中的测序成果，可用Ion AmpliSeq™ Community检测板，包括Ion AmpliSeq BRCA 1和BRCA2检测板和由OncoNetwork 联盟设计和验证的Ion AmpliSeq™结肠癌和肺癌检测板，这种检测板靶向涉及结直肠癌和非小 细胞肺癌的22个基因中的热点突变。 当前，Ion AmpliSeq™技术已扩展到靶向人类 A. ® 外显子组以采用配备Ion PI™芯片的Ion Proton