卤醇脱卤酶催化机理理论计算研究.pdfVIP

2013年中国生物医学工程联合学术年会(CBME2013)，2013.10.18~10.21，成都，电子科技大学2013年中国生物医学工程联合学术年会(CBME2013)，2013.10.18~10.21，成都，电子科技大学 09-13(生物信息学与生物数据库) 卤醇脱卤酶催化机理理论计算研究* 陶韵文，张鹏，章露萍，王先龙 电子科技大学生命科学与技术学院，神经信息教育部重点实验室，邮编：610054 摘要：卤醇脱卤酶是一类通过亲核取代机制催化邻卤醇转化为环氧化物的脱卤酶，可以高效 高选择地催化环氧化物和邻卤醇之间的转化。卤醇脱卤酶不仅在降解环境中有机卤污染物有 重要应用价值，也在手性药物中间体合成中有重要潜力。卤醇脱卤酶中的 HheA 、HheB 和 HheC 三类酶都能在碱性条件下催化邻卤醇的脱卤成环反应，而在酸性条件下发生其逆反应。 本文采用同源建模方法构建HheB 的三维空间结构模型，建立催化活性中心的分子簇模型， 使用量子化学理论计算研究催化反应的机理，获得反应能垒和焓变等，以及受不同溶剂环境 的影响。理论计算结果对于进一步认识卤醇脱卤酶的反应机理以及指导突变改造湿实验具有 指导性意义。 关键词：卤醇脱卤酶；酶催化机理；计算化学；分子簇模型 1 引言 卤醇脱卤酶（Halohydrin dehalogenases ）是包括了HheA 、HheB 和HheC 三种子类型的 [1]、分枝杆菌（Mycobacterium 一系列酶的总称。它们分别源于节杆菌（Arthrobacter sp. AD2 ） sp. GP1 ）和放射形土壤农杆菌（Agrobacterium radiobacter AD1 ），但是它们在酶催化方面具 有相似性。卤醇脱卤酶主要能够催化两大类反应：1、在不同 pH 环境下环氧化合物和邻卤 - - - 醇的可逆的对映选择性转化；2、环氧化合物受到非卤化物亲核试剂 （如NO2 , CN , and N3 ） 攻击时发生的不可逆的开环反应。目前，HheA 和HheC 的三级结构已经通过解析X 晶体衍 射图谱的方式得到，并且它们在发挥催化功能时以同源四聚体的形式存在。 很久以来，卤醇脱卤酶相关研究的重点都是C 酶（HheC ）。序列比对分析表明卤醇脱卤 酶和 NAD(P)H 短链脱氢还原酶 （SDR ）家族都具有一个催化三体[2] ，在 HheC 中为 Ser132-Tyr145-Arg149 三个空间上相距比较近的三个氨基酸残基组成的组合。HheC 中脱卤 反应的机理已经被阐明：催化三体中的酪氨酸从邻卤醇的羟基中得到质子从而失去质子的羟 基形成了分子内亲核试剂，再通过SN2 反应的方式取代邻位的卤元素，从而卤原子离去。然 而，尽管卤醇脱卤酶三个子类之间在氨基酸序列和结构上存在差异，但是这三种酶共享着已 经被实验证实的最本质的催化机理。 以卤醇脱卤酶为主题的实验室湿实验在帮助我们了解这些酶的本质上有长足的进展。在 HheA 中，汤丽霞[3]发现了三个控制对映选择性的关键的氨基酸残基（V136 、L141 和N178 ）. 在HheC 中，研究者对大量的氨基酸位点进行了定点突变，见图。在此基础上，一个假想的 [2] 。在较高的 由P175, N176, Y187, F12, F186 和一个水分子构成的卤原子结合位点被提出了 *本课题受国家自然科学基金（No）、教育部高等学校博士学科点专项科研基金(20100185120023) 第一作者：陶韵文，男，生物技术专业2010 级本科生，主要从事生物信息学研究。 通讯作者：王先龙，男，博士，副教授，硕士生导师，主要从事计算化学和计（算生物学研究。Email: wangxianlong@uestc.edu.cn, 联系电话：028 第 1 页，共 6 页