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陆地棉产量、纤品质等性状与ssr标记的关联分析
英文缩略表
目 录
摘 要………………………………………………………………………………………．．1
Absh翟ct……………………………………………………………………………………………………………………3
1引言…………………………………………………………………………………………．5
1．1关联分析…………………………………………………………………………………．．5
1．1．1连锁不平衡及关联分析的概念………………………………………………………．5
1．1．2连锁不平衡的计算……………………………………………………………………。6
1．1-3关联分析的优势………………………………………………………………………一6
1．1．4关联分析的策略及统计方法…………………………………………………………．．7
1．1．5关联分析的影响因素…………………………………………………………………．．7
1．1．6关联分析在植物上的应用……………………………………………………………．．8
1．1．7关联分析在棉花上的应用……………………………………………………………10
1．2密码子偏爱性……………………………………………………………………………10
1．2．3密码子的使用模式……………………………………………………………………11
1．2．4研究密码子偏爱性的价值……………………………………………………………12
1．2．5导致同义密码子偏爱性使用的原因…………………………………………………12
1．2．6衡量同义密码子使用偏爱性的指标…………………………………………………14
1．3本研究的目的意义………………………………………………………………………16
2材料与方法………………………………………………………………………………。17
2．1植物材料…………………………………………………………………………………。17
2．2田间种植…………………………………………………………………………………19
2．3数据的调查……………………………………………………………………………一19
2．3．1产量及农艺相关性状的考察…………………………………………………………19
2．3．2纤维品质的测定………………………………………………………………………19
2．3．3种子脂肪和蛋白含量的测定…………………………………………………………20
2．4
DNA的提取………………………………………………………………………………………………………20
2．5sSR扩增及扩增产物检测………………………………………………………………21
2．5．1
SSR引物的选用………………………………………………………………………．21
2．5．2
ssR反应体系及扩增程序……………………………………………………………22
2．5．3电泳………………………………………………………………………………………………………………．23
2．5．4洗胶……………………………………………………………………………………………………………．．24
2．6数据统计及分析…………………………………………………………………………24
2．6．1关联分析分子标记数据的统计与分析方法…………………………………………24
2．6．2密码子偏爱性数据的统计及分析方法………………………………………………25
3结果分析…………………………………………………………………………………．．26
3．1关联分析…………………………………………………………………………………26
3．1．1产量、纤维品质等性状的表型数据分析……………………………………………26
3．1．2产量、品质等性状的相关分析………………………………………………………28
3．1．3遗传多样性及聚类分析………………………………………………………………31
3．1．4群体结构分析…………………………………………………………………………32
3．1．5连锁不平衡分析………………………………………………………………………34
3．1．6性状和标记的关联分析………………………………………………………………35
3．1．7优异等位变异的发掘…………………………………………………………………38
3．215个棉种密码子的偏爱性分析………………………………………………………．．42
3．2．2
3．2．3蛋白编码基因密码子RSCU值及最优密码子分析…………………
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