Diamond基础操作指南(大全).docVIP

Diamond基础操作手册 Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长 (2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。 (3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。 (4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。 (5)配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。如N2的对称操作为 x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。 (6) 原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design 和Bond Design选项。 (7) 在画配合物的高维结构图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使配合物骨架不断生长，为避免程序反应过慢，请将屏幕下方的Representation settings中的Rendering前的对钩去掉。 (8) 将(7)中无序的平面图按照一定的排列规则裁剪出来。（使用鼠标左键选择与键盘Delete键配合）其中坐标系与文字说明部分可分别通过双击打开相应对话框进行编辑。 (10) 使用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观察的方向。 (11) 选择File 菜单下的save as 保存图片。注意：需要同时通过save structure as 和save graphics as保存diamond和gif两种格式的文件。