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关于在分子生物化学与工程领域里若干理论问题的研究(III) ——在原始DNA 、RNA 合成中微观共聚反应机理的定量验证 金日光 赵军 蔡晴 李琴 牟雪雁 （北京化工大学生命动力研究中心，教育部可控化学反应重点实验室，北京 100029 ） 引言 人们通过大量的实验事实证实了不同物种的DNA 同义密码子被氨基酸使用时 具有明显的偏倚性，同时还发现在人类细胞的DNA 中，有富含C+G、T(U)+A 及 [1-3] C+A 的不同链段 。但是长期以来，在分子生物学领域，由于Crick 的“摆动假设” [4] 的指导作用 ，从而影响人们深入研究DNA 、RNA 原始合成的微观反应环境对四 [5] 种碱基的丰度序列问题。作者在前一文中 指出，DNA 、RNA 的序列结构，如同化 学共聚反应一样，受微观化学反应环境的影响。例如在含有极性的介质中，极性介 质分子首先与脱氧核苷酸（核苷酸）单体的四种碱基的极性部分充分作用，从而使 极性大小顺序被湮没，所以核苷酸单体首先按四种碱基的氢键和色散作用力大小顺 序进入DNA 、RNA 链中，因此大幅度的增加了富含C+G 密码子丰度的DNA 、RNA 链段的合成。又如在亲水甚至有水分子存在的极性介质中，水分子等极性介质与脱 氧核苷酸（核苷酸）单体的四种碱基的极性和可形成氢键的基团充分作用，使极性 和可形成氢键的作用能大小被湮没，突出了四种碱基色散作用的大小顺序，从而大 幅度地增加富含C+A 或T(U)+A 的DNA 、RNA 链段的合成。在这项研究中，作者 惊奇地发现目前常常被人们称之为经典理论或“过时理论”的内聚能密度（CED ） 的大小顺序决定着最原始的DNA 、RNA 共聚链中密码子的丰度序列，决定着不同 [6] 物种最原始的 DNA 、RNA 序列结构 。同时还发现人类所以是至高无上的生物， 其根本原因在于人类DNA 、RNA 中富含C+G、T(U)+A 和C+A 的密码子分别处在 不同的DNA 、RNA 链段；而越是低级生物体，如病毒等，其中富含C+G 的DNA 链段几乎没有，即在四种脱氧核苷酸（核苷酸）的四种碱基中具有方向性的氢键内 聚能密度大小顺序完全被湮没掉了，只有无方向的色散内聚能密度的大小在起作 用。至于中级生物，如黑腹果蝇等，DNA 、RNA 中则含有 10-20%富含C+G 的链 段，可见通过内聚能密度来研究基因密码子丰度序列是当代分子生物学乃至当代生 1 命科学应特别关注的重大课题。 1 四种碱基的内聚能密度 在远古时自然界有足够的时间来合成出脱氧核苷酸，氨基酸等单体，其中四种 核苷酸（脱氧）单体首先是通过腺嘌呤（A ）、鸟嘌呤（G ）、胞嘧啶（C ）和胸腺嘧 啶（T ）或尿嘧啶（U ）分别与戊糖和磷酸反应，形成四种碱基的三聚磷酸脱氧核苷 酸（核苷酸）单体，分别用ATP 、GTP、CTP 及 T(U)TP 来表示。由于在这些单体 中戊糖和磷酸根部分完全相同，所以这些单体之间的化学物理性质的差别主要表现 在不同微观反应条件下碱基的异构化与反应能力上。例如这些分子的内聚能密度大 小主要表现在四种碱基的异构化及其极性基团和“共轭”结构的差别上。为讨论方 t t t t 便，分别用四种碱基的内聚能密度e 、e 、e 和e 来代表脱氧核苷酸（核 A G C T(U) ed 苷酸）整体内聚能密度，而在每一个整体内聚能密度中又包括色散（ ）、极性 p h