基于top-hat变换与形状特征的蛋白点检测.pdfVIP

ComputerEngineeringandApplications计算机工程与应用 基于top-hat变换与形状特征的蛋白点检测 熊邦书，黄周伟，余 磊，张郝东 XIONG Bangshu，HUANG Zhouwei，YU Lei，ZHANGHaodong 南昌航空大学 无损检测技术教育部重点实验室，南昌 330063 KeyLaboratoryofNondestructiveTestofM inistryofEducation，NanchangHangkongUniversity,Nanchang330063，China XIONG Bangshu，HUANG Zhouwei，YU Lei，eta1．Proteinspotsdetectionm ethodbasedontop-hattransform and shapecharacteristics．ComputerEngineeringandApplications，2015，51(18)：224—228． Abstract：Inordertodetectthefaintandoverlappedprotein spotsinproteingelimages，anew approachbasedonthe top—hattransform andshapecharacteristicsisproposed．Top-hattransform isusedtoenhancefaintproteinspotsregion．A marker—controlledwatershedalgorithm isusedtodetecttheinitialoutlineoftheproteinspots．Then，shapemarkersare adaptivelyextractedbyshapecharacteristicsinformation，andtheshapedistanceimageiscalculatedaccordingtothese shapemarkers．Thewatershedalgorithm isappliedagainontheshapedistanceimagetoseparatetheoverlappedspots． Theresultsoftheexperimentsondifferenttypesofrealgelimagesshow thatthealgorithm hashigherdetectionaccuracy andbetteroverlappedspotsseparationrate．Italsoobtainsbetterdetectionresultsfrom lowqualiytgelimages． Keywords：gelimages；top-hattransform；faintproteinspots；overlappedproteinspots；shapemarkers 摘 要 ：针对凝胶图像中蛋白质点检测存在弱蛋白质点漏检和重叠蛋白质点难分离的问题，提 出了一种基于top．hat 变换与形状特征的弱重叠蛋白质点检测算法。采用top．hat变换算法增强弱蛋 白质点区域；采用标记控制分水岭法 进行粗检测，提取蛋白质点的初始轮廓；根据蛋白质形状特征，自适应设定阈值提取蛋白质点形状标记，并利用提取 的标记计算形状距离图；采用基于形状距离的分水岭方法，分离重叠蛋白质点。通过不同类型真实凝胶图像的蛋白 质点检测实验 ，结果表明，该算法具有较高的检测精度和重叠蛋白质点分离率，而且对质量不好的凝胶图像也有较 好 的检 测效果。 关键词：凝胶 图像；top．hat变换；弱蛋白质点；重叠蛋白质点；形状标记 文献标志码：A 中图分类号：R318．08 doi：10．3778j／．issn．1002．8331．1309．0270 1 引言 检测，取得了较好效果 ，但存在过分割、弱蛋白质点漏检 差异蛋 白质点提取是二维凝胶电泳技术 的核心 及重叠蛋 白质点未能分离等问题 。Sun等nm将 内外标 内容 ，蛋白质点检测[3-41是差异蛋白质提取的关键步骤 ， 记控制引入到分水岭方法，解决了过分割问题 ，但仍存 为疾病诊断、药物研制和环境污染分析提供依据。现有 在弱蛋 白质点漏检和重叠蛋白质点不能分离 的问题。 蛋 白质点检测方法可分为两类：一为基于数学模型方