中国部分山羊品多样性及系统进化分析.pdf

摘 要 中国有丰富的山羊遗传资源，但对其起源进化及遗传多样性的研究还不够系统和深入，本研 究利用线粒体DNA分析了分布于中国9个省和自治区的12个本地山羊品种和1个国外品种安哥 拉山羊共13个山羊品种的起源及遗传多样性，我们测定了13个山羊品种共计155条序列的线粒 体高变区的622bp片段，通过聚类及系统分析得到A、B、C和D4个支系，同时对群体遗传结构 及群体扩张进行了分析。 根据线粒体高变区的测序和分析，在4个支系中分别选取一定量的个体来进行线粒体全序列 测定，其中A支系3个个体、B支系4个个体、C和D支系各1个个体，设计15对引物进行线 粒体全序列测定，分析山羊mtDNA序列基因特征和RNA二级结构，并对碱基变异对蛋白质结构 和功能的影响进行了预测。与其他已报道物种的线粒体DNA基因组进行比较研究，探讨山羊线 粒体DNA序列进化特点。 通过山羊线粒体高变区及全序列的分析，得出以下结论： 1．利用线粒体高变区序列分析了中国本地12个山羊品种的群体结构，FsT=0．21，经检验差异不 显著，品种内方差明显大于品种间方差，表明这些山羊品种间还没有出现显著的遗传分化，品 种间表现弱的遗传结构。 2．通过对本研究得到并结合以前发表的B支系序列构建网络关系图，形成以2个优势祖先为中 心的发射状星图，表明B支系经过2次独立的群体扩张。 3．本研究中共得到山羊B支系序列36条，主要分布在中国的西南及周边地区，这些分析联合以 前发表的关于中国山羊B支系的起源研究方面的论文，我们推测中国的西南地区可能是B支 系的驯化地之一。 4．通过对来自不同国家属于不同支系的1182条序列比对分析，发现了能区分4个支系的变异位 点，每个支系有自己特有的碱基变异位点，其中A支系的特有变异位点5个，B支系的特有 变异位点6个，C支系的特有变异位点18个，D支系的特有变异位点7个。所有的变异都是 转换。 5． 山羊线粒体A、B、C和D支系DNA编码区共有124个碱基变异位点，其中巅换有3处。转 换与颠换的比值为40：l，在得到的124处碱基变异中，有121个变异发生在编码蛋白质的 基因序列，在这121个序列当中有18个变异属于非同义突变，通过对蛋白质二级结构及功能 的预测，说明非同义变异只引起氨基酸的改变并不会影响蛋白质的功能。 6．在山羊全线粒体基因组序列中，发现了所有脊椎动物都有的4段超级保守序列，推测这4段 子序列在脊椎动物进化及生命活动中有非常重要的功能，线粒体可能不是低等生物基因组的 一个简单拷贝。 摆动配对原则。所以各支系间tRNA和rRNA二级结构的碱基变异并不会引起其功能的改变。 Neiand Gojobori也显示同义替换总数高于非同义替换总数，分别以不同的物种为外群体计算 了HKA，结果显示差异显著，这些均表明线粒体编码区未受到正选择作用。 关键词：山羊，线粒体DNA，多样性，系统进化，群体结构 II Abstract SOfartherehasbeennoextensiveon Chinahasnumerousnativedomesticbreeds，but goat study ofChinese examinedthe demographichistory，andorigin goaB．Here，we geneticdiversity，population domestic a of and structureof fragment geneticdiversityphylogeographic goatsbydetermining622-bp