水稻的密码子用及起始和终止密码子侧翼序列对基因表达的影响.pdf

水稻的密码子用法及起始和终止密码子侧翼 序列对基因表达的影响 摘要 水稻是重要的粮食作物，全世界约半数人口以此为生。2002年，水稻基因组草 图和精细图的绘制完成，为解决世界粮食问题带来了新的契机和突破口。本研究以 全基因组序列数据为材料，结合现阶段基因组研究的热点，对搽稻核和细胞器基因 组的密码子用法以及翻译起始和终止密码子侧翼序列模式对基因的表达水平和蛋白 翻译有效终止的影响等方面进行了详细分析。这对于研究物种的分子进化、指导转 基因及对基因进行特定分子改造，探讨蛋白高效起始、终止翻译及产生通读的内在 分子机理，对于基因预测软件的完善和基因组注释等均具有重要的参考价值。本文 的主要结论如下： 1、水稻密码子的偏好性是核苷酸组成偏好、基因表达水平、CDS长度、蛋白的疏 亲水性等多种因素共同作用的结果。其中核苷酸的组成偏好是影响核基因组的首 要因素，而粳稻叶绿体和线粒体则主要受到基因表达水平的影响。同时确定了水 稻核、叶绿体和线粒体基因纽的主要偏爱密码子。 2、核基因组与叶绿体基因组的密码子使用模式明显不同。与宿主的基因组环境无 关，4种植物的叶绿体基因组均偏好A或u结尾的密码子，且基因间的异质性 较低。从中性分布分析的结果推测，叶绿体基因组在进化过程中发生了较低水平 的突变或GC含量高度保守。与此相反，核基因组在进化过程中发生了很大的分 歧。故推测在进化关系上叶绿体可能要早于单双子叶植物的分化。 3、核基因组的基因功能与密码子的偏好性高度相关。不同功能类型的基因对偏好密 码子的选择及选择强度差异显著。 4、水稻基因翻译起始的有效性与基因的mRNA丰度和密码子的偏好性相关不明 显，但却受到起始密码子AUG侧翼序列GC含量的显著影响。AUG侧翼区高度 保守的一l、-2、一3、一5、“、+4、+5和+6等8个位点可能参与翻译的起始。一18、 一16、一15、_9、_7、一l和+6等刁个位点碱基的保守程度可明显影响到高表达基 V 因的表达水平。 5、终止密码子侧翼序列中一l和+1号位密码子最为保守，分别为AAC和ACA。分 别以uAA、UAG和UGA为终止密码子的基因序列表现出显著不同的对侧翼核 苷酸的偏好性。其中主要的差异表现在紧邻终止密码子下游的核苷酸，比如+4、 +5和+6位点。推测侧翼序列保守的核苷酸位点，如一2、一l、+4、+5和+6等位 点可能作为扩展后的终止信号参与翻译的终止。与低表达基因相比，高表达基因 终止密码子侧翼序列核苷酸的保守程度更高，CterGCC是其最喜爱的序列模式。 推测高表达基因不但具有高效延长氨基酸的机制，同时还具备高效终止翻译的分 子机制。 6、获得了111个可靠程度较高的水稻终止密码子通读候选基因。序列分析发现，序 列模式GUAGC产生通读的可能性最大，而且候选基因中预测的通读序列模式可 能与终止密码子的类型有关。已知+4位碱基影响翻译的终止。据此推测在水稻 中发生终止密码子通读事件的概率可能为：对UGA密码子来说为GCAu： L 终止密码子常位于B．拐角的亲水区域，推测终止密码子侧翼氨基酸的性质是通读 事件是否发生的决定因素之一。 关键词：水稻；叶绿体；线粒体；密码子偏好性；基因功能；起始密码子；终止密码子； 侧翼序列模式：基因表达水平：通读基因 V ofcodonbiasandeffectsof Analysis usage sequence initiationand totranslation termination patterns proximal codonson in sativa