玉米和黑麦草漆基因的克隆和系统发育分析及玉米水分胁迫下基因表达研究.pdf

中国农业科学院博士论文 第一章 引言 和生长条件等)，使得“电子RNA”分析的范围受到限制；二是，对于特殊的cDNA文库，如何取 样才能鉴定到低丰度的转录类型。为了进行深入研究，构建了两类微阵列：一个是含有10—14天胚 高的不同组织间基因表达的质的重叠序列。 蛋自质组学的迅速发展也为玉米基因表达谱的研究提供了一条快捷的途径fDeⅥe11Ile甜 df．，1999)。DalTlerval等(1998)利用双向凝胶电泳(2．DPAGE)技术分析了7个玉米近等基因 系间印口g“P。2基因表达差异，鉴定并克隆到了一个新的转录激活因子基因。Ch锄g等(2000) 利用质谱方法对低氧环境下，玉米幼苗根尖的缺氧耐性和蛋白质合成模式进行了研究，探讨了检 测到的蛋白质在适应低氧环境时可能的作用。当然，蛋白质组学还是一种新生领域，目前尚处于 初期发展阶段，仍有许多困难需要克服。如双相电泳和质谱分析的灵敏度还很难将体内微量的调 节蛋白质精确分析。而这种微量调控蛋白的精确表达在生命过程中起到关键性作用。另外，质谱 分析仪的价格十分昂贵，约为DNA序列分析仪的十倍之多，严重影响了它的普及和被广泛应用。 再者，成千上万种蛋白质问及蛋白质与其它生物大分子间的相互作用和作用方式的复杂性，同样 也是蛋白质组研究所面临的问题。 4生物信息学 互交叉而形成的学科。其目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它是 当今乃至下一世纪自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大 科学问题的有机结合。主要涉及三个领域：(1)建立现代生物学所需要信息系统框架的研究开发 工作；(2)旨在理解基本生物学问题的基于计算所研究工作；(3)新算法和统计学方法研究。它是 生物遗传密码与电脑信息相结合，通过电脑的各种程序软件将已知的大量的核酸、蛋白质等生物 大分子的核苷酸序列进行分析、计算，揭示遗传信息；通过对生物信息的查询、搜索、比较、分 析，从中获取基因编码、基因调控、核酸和蛋白质结构功能及其相互关系等理性知识，推断已知 序列的功能；在大量信息和知识的基础上，探索生命起源、生物进化以及细胞、器官和个体的发 生、发育、病变、衰亡等生命科学问题。 4．1生物信息学数据库 核酸和蛋白质这两大类生物大分子的序列是生物数据的主要组成部分。生物大分子的结构特 点、功能分析等，使得生物数据呈爆炸式增长，加速了数据库数目的剧增和更新周期。《Nucleic Acids Research》杂志连续七年在其每年的第一期中详细介绍最新版本的各种数据库。迄今为止， 生物学数据库总数已达500个以上(表1．3) 4．1．1核酸和蛋白质数据库 目前比较常用的DNA序列数据库有3个：位于英国剑桥的欧洲分子生物学实验室(Europeall M01ecul”Bi0109y 第二章基于生物信息学的植物漆酶比较分析 尽管有关漆酶的功能研究已经取得了重要进展，但是由于漆酶是一个相当复杂的基因家族， 很多漆酶成员，尤其是有关植物漆酶的研究报道不多。另一方面，原核生物和真核生物中漆酶的 底物非常广泛，更增加了人们对漆酶进化机制的困惑。随着模式植物拟南芥和水稻测序的相继完 Genome Initiative，2000；Goff酊dL，2002；Yu 成(Arabidopsis ef口，．，2002)以及生物信息学的迅猛 发展和大量数据库的相继建立，为植物漆酶的研究提供了有力的工具。 本章对64个来自不同物种的植物漆酶基因，包括拟南芥口M6砒四妇腩口肠口)、水稻(0n∞ s口ffW上．)、棉花(Gos毋pf啪or60瑁“m)、黑麦草犯D以“埘班，阴neL)、松树(Pf，加缸Pd∞、杨 树(脚“w 胁6dcM L)以及枫树似cPrp8。越印缸细1w￡)等的结构与功能、细胞位置、组织差异性表达、 染色体位置及其分子进化机制等方面进行比较分析。 1材料与方法 1．1漆酶氨基酸序列提取 Infomation 在TAIR(TheArabidopsis 17个拟南芥漆酶基因。以其中一个拟南芥漆酶(NP Resourcefor comp甜atiVeMapping 配的结果。去除冗余序列和其它家族成员后，共得到64个植物漆酶基因(表2一1)。