水稻微卫星标记开发及分析.pdfVIP

摘要 水稻是世赛最重要豹栽培粮食作物，养活了世界近～半的入口。目前，全球水稻的 种植面积达到了1．5亿hm2，年生产总量为6亿吨以上，到2010年，随整人口的增加秘 辨迷霭积的减少，水稻的总产爨还要增加25％才能满魑人稍韵鏊本需求。目前，水稻芒- 经建立了较高密度的遗传图、物理图。同时，水稻与其它禾本科植物在基因排序上还存 在着丽线往关系，便其成为谷类作物中熏要的磷究发育童物学、分子遗传学及蒸因组学 的单子叶模式植物。在水稻基因组完成测序以麟，后基因组学的全面开展将有助于深入 了解这耢重要的粮食经济俸物的基因缝功能，从丽提高对永稻分子永平上的辅霸育种和 杂种优势机理研究的理论水平，而在这样的研究当中，微卫星标记是不可或缺的一种重 要工其。 微卫星标记是一穆以PCR反癍为綦础酶分子标记，它既其窍一般PCR反廒救成本 低廉的特点，两且对DNA的用量少，尤其是对DNA质量要球不高，又兼具了RFLP 标记的稳定性、可重复性、强特异性和熬显性等诸多优点，还比RFLP标记操{乍豌单、 快速，因而在蒸因定位、遗传作国、品种鉴定和分子标记辅助育种等方面都得到了广泛 的应用。强前已经公布纳微卫慰标记在500对左右，平均遗传距离为4eM。 水稻基因缀中存在着大量的微卫基标记，但是由于其传统的基于实验生物学的开发 周期较长，经费较舄爨，鼓毽懿翳微里覆覆盖纛积及数霪靼对RFLP、STS等标记露苦 还远远不够，出于这样一种情况，从生物信息学水平出发，开发水稻微卫星标记以应用 予本稻功齄基觳缀、橡建各承爨磊萃孛撂纹匿谱、分子撂记辅助蠢秘等磺究。 本文主要研究结果如下： 星位点在93-11与日本晴当中表现出长度上的差异。在这两綦因组中，扩增产物长度 于20个碱基差异的位点数为1174。 怼分瓠，发现利用公奄的引物序列进罨亍扩增的片段平均长发在189-192bp之阚，于楚 Designer 利用Array 出14415对弓l物。 3．随机选择】00对引物进行生物学验证，大多数引物在通用扩增程序下均能扩增出日的 片段，其产物的长度主要集审予100～200bp之间。 对，大于20bp的为40对，通过对它们的凝胶图像分析发现想要在3％的胶上、4v／cm、 电泳2个小瓣等条传下区分融差异则震要达到8令簸基以上懿差异，数鉴别焚鑫淫剡 所需差异要在20个碱基以上。若要利用小于8个碱基以下的标记，则需通过 SDS+PAGE凝胶电泳。 1染毪馋，爨平均距离为16+5cM，稳若秀发逡寒豹抟记夸50％霹跌应震予耢究，粼 其在全基因组中的平均覆盖黼积精度可以提升到0．22cM或者57kbp。 02428共六个水稻品种聚为两个大类，即籼稻与粳稻．这与遮六个溉种的系谱分类相 一致，迄证绢了标诡豹霹簿瞧与赣粳分纯特器毪。 7．在所有微卫摄序列中，其重复平均长度在粥+朋中为13。2bp，在日本媾当中为12 6bp。 究，三碱萋蘧复辛商GC含爨的微量星序飘W能与麓嚣有着紧密韵荚系。徽翌毯序刘 在两个基因组中的平均含量分别为O。86和O．80％，多于四碱基的motif未参与统计。 关键翊：农稻数卫星努子嚣记标记歼发 Abstract Riceisthe forhuman most foodfor crop staple important consumption，providing morethanhalf world’s for the well—established population．The protocols