普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(11):2108-2117 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.11.003 普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析 童治军，焦芳婵，肖炳光 （云南省烟草农业科学研究院/烟草行业烟草生物技术育种重点实验室/ 国家烟草基因工程研究中心，昆明 650021 ） 摘要：【目的】普通烟草（ N. tabacum ，2n=24Ⅱ=48 TTSS）及其2个祖先种-绒毛状烟草 （N. tomentosoformis， 2n=12Ⅱ=24 TT）和林烟草（N.sylvestris，2n=12Ⅱ=24 SS）基因组 SSR 位点信息的统计分析，有助于烟草属植 物的遗传分析。【方法】从公共数据库 NCBI（National Center for Biotechnology Information）中下载上述 3 个烟草基因组数据，应用SSRIT和TRF软件分析其各自SSR位点分布特征，每个基因组随机合成50对SSR引物扩 增多态性。【结果】在绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得218 081、263 478和397 432 个 SSR 总位点，其间的平均距离分别为 7.52、7.78 和 9.06 kb。绝大部分的 SSR 位点分布在内含子和 UTR（尤其 是 5′-UTR）区域；以 2 核苷酸和 3 核苷酸类型为主，占基因组内 SSR 位点总数目的 2/3 以上，其中，2 核苷酸类 型丰度最高；含有 A(T)n 基序结构的频率及数量最高；除单核苷酸类型外，重复次数多在 3—10。150 对合成的引 物对8个烟草种DNAs进行PCR反应，所有材料均能扩增出清晰稳定的目标片段，其中36对引物显示多态性。【结 论】绒毛状烟草、林烟草和普通烟草基因组内 SSR 呈现一定的分布特征，表明 SSR 位点在亲缘关系相对较近的烟 草种间具有高度保守性。 关键词：绒毛状烟草；林烟草；普通烟草；基因组；SSR位点 Analysis of SSR Loci in Nicotina tabacum Genome and Its Two Ancestral Species Genome TONG Zhi-jun, JIAO Fang-chan, XIAO Bing-guang (Yunnan Academy of Tobacco Agricultural Sciences/Key Laboratory of Tobacco Biotechnological Breeding/National Tobacco Genetic Engineering Research Center, Kunming 650021) Abstract: 【Objective 】 The statistical analysis of SSR loci genomic information in Nicotina tabacum (2n = 24 Ⅱ= 48 TTSS) and its two ancestral species (N. tomentosiformis 2n = 12 Ⅱ= 24 TT and N. sylvestris 2n = 12 Ⅱ= 24 SS) are carried out for the genetic analysis of plants of the Nicotiana genus. 【Method 】 The data in the above-mentioned three tobacco genomes were downloaded from a public database