人参单一基因微卫星标记的分析.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(13):2650-2660 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.13.003 人参单一基因微卫星标记的分析 吴天姝，梁 翠，李宏博，朴钟云 （沈阳农业大学园艺学院，沈阳110866） 摘要：【目的】利用人参单一基因（unigene）序列，研究人参转录区SSR 的分布特征；开发单一基因微卫星 （UGMS）标记，并比较人参UGMS 与基因组SSR 标记（G-SSR）在分布频率、多态性及通用性等方面的不同，为人 参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础。【方法】利用NCBI 公共数据库的7 649 条人参EST 序列，筛选出含有SSR 的单一基因序列，并分析人参SSR 的分布；根据这些序列以及包含SSR 的人参基因组序列 合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物。【结果】检测到总长度为2.72 Mb 的4 869 个单一基因。其中， 488 个单一基因分布有724 个SSR，占人参EST 的10.02%，SSR 的分布密度为3.75 Kb。一至三核苷酸重复分布频 率分别为29.28%、48.06%和19.06%。非编码区和编码区重复序列分别以AT/TA 和AAG/CTT 为主。在合成的100 对 UGMS 和44 对G-SSR 引物中，分别有86 和44 对能够扩增出人参的PCR 产物，其多态率分别为42.0%和43.2%。人 参UGMS 对五加科西洋参、三七和刺五加植物的通用性分别为 100%、87.2%和75.6%；G-SSR 分别为95.5%、72.7% 和40.9%。【结论】人参基因中SSR 发生频率较高，并以二核苷酸重复为主。不同基因区域内的SSR 分布具有非随 机性。UGMS 在揭示种内多态性方面不及G-SSR，但具有较高的种间通用性。 关键词：人参；单一基因微卫星；基因组SSR Development of Unigene Derived Microsatellite (UGMS) Markers in Panax ginseng WU Tian-shu, LIANG Cui, LI Hong-bo, PIAO Zhong-yun (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110866) Abstract: 【Objective 】The aims of this study is to characterize the distribution of simple sequence repeats (SSR) in the transcribed regions of Panax ginseng , and to develop genomic SSR (G-SSR) and unigene derived microsatellite (UGMS) markers in Panax ginseng . 【Method 】A data set of 7 649 expressed sequence tags (ESTs) of P. ginseng downloaded from NCBI was assembled to obtain the unigenes. SSR-containing unigenes and genome were selected to characterize the SSR distribution in ginseng genome. A set of UGMS and G-SSR primers was designed to amplify genomic DNA of ginseng and