绿豆高密度分子遗传图谱的构建.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(11):2088-2098 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.11.003 绿豆高密度分子遗传图谱的构建 1,2 2 2 2 2 2 1,3 吴传书 ，王丽侠 ，王素华 ，陈红霖 ，吴健新 ，程须珍 ，杨晓明 1 2 3 （甘肃农业大学生命科学技术学院，兰州 730070 ； 中国农业科学院作物科学研究所，北京 100081； 甘肃省农业科学院作物研究所， 兰州 730070 ） 摘要：【目的】在前期研究的基础上，进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS 和普通菜豆基因组 SSR 等 标记构建绿豆遗传连锁图谱，为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术 平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken （高感豆象绿豆栽培种）×ACC41 （高抗豆象绿豆野生种）及其重组 自交系（recombinant inbreed line，RIL ）群体，对6 686 对引物进行 PCR 扩增及多态性筛选，包括 6 100 对绿豆基因组SSR、149 对EST-SSR、13 对STS 和424 对普通菜豆基因组SSR 引物，将亲本间多态性引物，进一 步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据，利用Mapmarker/Exp 3.0 软件构建遗传图谱，并设置 LOD ≥3.0，最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0 软件进行图谱整合。【结果】用2 个亲本共筛选了6 686 对SSR 引物，共有 3 691 对引物有稳定的扩增产物，得到有多态的引物有 588 对。其中，通过磁珠富集法开发的绿豆 SSR 引物6 100 对，有效扩增 3 459 对，有效扩增率56.7%，得到多态性引物559 对；通过转录组测序开发的绿 豆MGCP 引物149 对，有效扩增 126 对，有效扩增率 84.6%，得到多态性引物 21 对；通过磁珠富集法开发的菜 豆SSR 引物424 对，有效扩增 97 对，有效扩增率22.9%，得到多态性引物 6 对；绿豆STS 引物13 对，有效扩 增 9 对，有效扩增率 69.2%，得到多态性引物 2 对。表明不同来源和种类的 SSR 引物在RIL 群体亲本中的有效 扩增率有明显差别，绿豆EST-SSR 引物 （84.6% ）最高，绿豆STS 引物 （69.2% ）和SSR 引物 （55.7% ）次之，菜 豆SSR 引物 （22.9% ）最低。获得一张含有 585 个标记（499 个 SSR 标记、74 个RFLP 标记、9 个 STS 标记和 3 个RAPD 标记）的绿豆遗传图谱，图谱总长 732.9 cM，包括11 个连锁群，每个标记间的平均距离为 1.25 cM， 平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2—112.8 cM，每条染色体上面的标记数为35—92 个，平均53.18 个。标记位点数最多的连锁群 LG1 含 92 个标记，长度为 112.8 cM；标记位点数最少的连锁群 LG11 仅含有 35 2 个标记，长度为48.7 cM。对图谱的585 个标记位点进行χ 测验，在P ＜0.05 和P ＜0.01 条件下，分别有79 个 和151 个标记表现为偏分离，占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密 度最高的绿豆遗传连锁图谱。 关键词：绿豆；遗传连锁图谱；标记 Constr