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研究论文 生命科学仪器 2005第3卷/第2期 RPLC-SDS整体蛋白质分离与纳升毛细管 液相色谱－串联质谱联用技术的研究及应用 1 张养军 ，李文瑞，孟庆芳，邓新宇，田英华，王京兰，杨兵 蔡耘，朱云平，贺福初，钱小红2 （军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室，北京100850） 摘要 采用RPLC-SDS与纳升毛细管液相色谱－串联质谱联用技术对国际人类蛋白质组织 （HUPO）提供的法 国人肝脏蛋白质组表达谱的构建及其理化性质的统计分析，鉴定了2552条肽段，归结于402种蛋白质和240个蛋白质簇。 蛋白质的pI分布范围为：4.29～11.57，分子量范围为：8,593～3,816,218Da，其中大于100kDa的蛋白质占到所鉴定蛋白 质的10％，二者皆高于两维凝胶电泳的等电点和分子量范围（一般等电点3～10；分子量10～100kDa）。另外，蛋白质 组中不同蛋白质的疏水性分布显示大部分蛋白质为可溶性蛋白质，其中疏水性蛋白质占15％（GRAVY0的蛋白质）。实 验结果表明该技术路线兼顾了反相色谱分离度高和SAS兼容性好的优点，可用于复杂组织或细胞中蛋白质组表 达谱的构建或比较蛋白质组的研究，为蛋白质组学的方法学研究奠定了基础。 关键词 蛋白质组学，反相液相色谱，SDS，液-质联用 1 引言 获得了法国人肝脏组织的蛋白质表达谱，为规模化研 究人肝脏蛋白质组奠定了基础。 蛋白质组学研究中技术平台的建立是目前分析化 学面临的巨大挑战。其难点主要包括两个方面：一方 2 实验部分 面是复杂生物样品的分离；另一方面是生物质谱的检 2.1仪器与试剂 测灵敏度。而最关键的因素是蛋白质混合物和多肽混 ProteomeLab PF 2D型两维高效液相色谱系统的反 合物的高效分离。目前对整体蛋白质分离所采用的主 相色谱仪包括一台双泵、一台自动馏分收集及进样器 [1] 要手段是色谱方法、凝胶电泳以及它们的有效组合 。 和32 Karat色谱工作站（Beckman公司），并在反相色 由于只采用一维色谱技术或多维色谱技术的分离效率 谱之后连接一台自动馏分收集器（Gilson公司）。反相 无法与两维凝胶电泳媲美，而两维凝胶电泳又在分子 色谱柱：150mm×4.6mm i.d，内装C8反相色谱填料 [2] 量、疏水性和pH存在歧视性 ，因此如何扬长避短， 的颗粒直径为5μm，孔径为300A（金欧亚科技发展 发挥两类高效分离方法的优势成了目前蛋白质组学研 有限公司，中国北京）。 究中需要探索的问题之一，本工作就是结合了色谱和 毛细管液－质联用系统包括毛细管液相色谱 凝胶电泳方法的优点，即反相色谱 （RPLC）可以克 （CapLC）系统和带有电喷雾源的四极杆飞行时间质 服两维凝胶电泳方法中第一维等电聚焦存在的缺陷，