微生物末端限制性片段的长度多态性研究新进展.pdfVIP

中国人 民公安大学学报 (自然科学版) 2014年第4期 No．42014 JournalofChinesePeople’SPublicSecurityUniversity(ScienceandTechno|ogy) 总第82期 Sum82 微生物末端限制性片段的长度多态性研究新进展 陈尚坤 (吉林警察学院，吉林长春 130117) 摘 要 有效的比对不同环境下微生物群落基 因组间的差异 ，可为刑事侦查 中鉴定不 同物证 的来源或异 同，提供 有效的分析思路 ；微生物基 因组 16SrRNA有多个 区段高度保守，可 以设计出通用引物 ，扩增所有细菌的 16SrRNA 片段 ，而 16SrRNA可变 区的差异则可以用来区分不 同的细菌；近年来发展起来的T—RFLP(末端标记 限制性片段长 度多态性)技术为该策略的实施提供 了新 的技术平台；本文对近年来 T—RFLP分析的研究进展进行 了系统 回顾 ，对 其关键技术 ，包括 引物及 限制酶的选择、末端片段 的解析、信号的区分 以及 图谱 的解读等方面的最新研究方法进行 了系统的比较和评价 ，以期为其在法庭科学 中的实践提供相应 的参考和帮助。 关键词 微生物群落 ；16SrRNA；末端 限制性片段 的长度 多态性 (T—RFLP)；多样性 中图分类号 918．93 随着核酸测序技术 的发展 ，越来越多的 rRNA 0 引言 基因序列被输入数据库。其 中原核生物核糖体小亚 在大量刑事案件 中，犯罪嫌疑人为了逃避打击 ， 基 RNA 的基因序列 已达到 20000条 以上。有了强 往往毁灭证据 ，或者转移尸体等与犯罪有关的证据 。 大的数据库支持 ，采用 16SrRNA作 目的序列进行 犯罪嫌疑人在进 出现场的过程 中，鞋或者衣物会粘 细菌群落结构分析就更加方便可靠。确定了合适的 附有现场的泥土 、水 ；转移尸体等物 品的过程中，嫌 目的序列后 ，根据序列 的保守 区设计引物 ，其中一 疑人 、尸体等物体粘附有现场及所经过地点的泥土、 个引物的5端用荧光物质标记 ，然后提取待分析样 水 。在一些交通肇事逃逸案件 中，肇事车辆会被嫌 品的总 DNA ，以它为模板进行 PCR扩增 ，所得到 疑人冲洗。而他们往往只注意车辆上 的血迹 ，而不 的PCR产物一端就带有这种荧光标记 。然后 ，将 会注意所粘 附的现场泥土。环境微生物学的研究说 PCR产物用合适的限制性 内切酶消化 ，由于在不 同 明泥土、水 中分布有大量的微生物 ，而且呈多样性分 细菌的扩增片段 内存在核苷酸序列的差异 ，酶切位 布，不 同地区及 同一地 区不 同地点所分布的微生物 点会存在差异 ，酶切后就产生许多不同长度的限制 种类不同，菌株也不 同。大量 的微生物基因组测序 性片段。消化产物用DNA 自动测序仪 (选用 Genes— 显示不同种类微生物 的基 因组序列存在差异 ，不 同 can功能)进行检测获得峰值 图，末端带荧光标记 菌株的某些位置序列存在多态性 。因此通过分析泥 的片段 (TerminalRestrictionFragment，T—RF)或者 土 、水 中的微生物种类鉴别泥土的来源 ，无疑可为案 称作操 纵分类单元 (OperationalTaxonomicUnit， 件的侦破提供有力的线索和证据 。 OTU)被检测到，而其他没带荧光标记 的片段则检 16SrRNA基因 (rDNA)是最常用 的作为细菌 测不到。因为一种细菌 的T—RF长度是 唯一 的，所 群落结构分析 的系统进化标记分子。 目前 ，人们对 以峰值图上的每一个峰至少代表 了一种细菌。 细菌 的 16S