RNAi技术手册-化学合成.pdfVIP

siRNA 化学合成 2.1 化学合成siRNA 简介 化学合成siRNA 是应用起来最方便的方法，客户只需提供siRNA 序列或者GeneID、 Accession Number 、基因名称等。 百奥迈科(Biomics)公司的siRNA 使用国外最先进的仪器合成，同时配备了高容量的HPLC 纯化仪。单个靶点siRNA 合成量一次性可放大到克(g)级，年产更达到公斤(Kg)级。产品经过 严格质检，确保质量并提供质量检查报告。 化学合成的siRNA 与生物合成siRNA 相比，有以下优点： 操作简便，研究人员得到合成好的siRNA 后，进行简单的稀释处理即可实验。 转染效率高，相对于分子量较大的DNA 质粒，其转染效率高。 对细胞的或者组织的毒副作用小。 可大规模制备，本公司的合成规模可达到克级 (一次合成量1 - 100 g)。 特别适用于基因靶位点已确定，需要大量siRNA 进行siRNA 动物实验研究。 欢迎您使用Biomics 的siRNA 产品，我们始终为您提供优质热诚的服务！ ‐ 1 ‐    2.2 siRNA 设计 siRNA 序列的结构对RNAi 实验的成功与否起着至关重要的作用。不同的siRNA 序列， 对基因的沉默效率差异很大。因此，理性设计有效的siRNA 就成为实验成功的关键因素之一。 本公司推荐考虑如下设计思想： 从起始密码子下游50 - 100 个nt 开始，避免5端或3端的UTRs ，搜索AA (N19) 序列。 因为这些区域结合了大量的调控蛋白，可能会影响siRNA 发挥作用。 分析siRNA 两端能量分布 N19 序列3端垂悬两个dTdT，该垂悬不与mRNA 序列互补，使有义链3’端更容易解链， 从而增加其沉默效率。 21 个碱基的siRNA 单链序列如：5-GGCCAGAGGUUGAAAGUGAdTdT-3 对mRNA 目标区域进行二级结构预测，排除作用复杂的二级结构的siRNA 序列。因为二 级结构越复杂，siRNA 沉默效率越低。 下图表明设计的siRNA 结构优势依次递增a) b) c) 在NCBI 数据库（/Blast.cgi ）中进行Blast 对照，排除设计的序 列和其他基因的同源性，降低脱靶效应。 避免出现连续的多个G 或C，GC 含量最好在30 – 55 %之间。 设计中，对siRNA 两端的错配可以高度容忍，但中间的5 - 11 位碱基的错配，对沉默效 应会有较大影响。 本公司专业技术人员免费帮您针对同一个基因设计3 - 4 对siRNA，您只需提供基因的 Accession Number 、mRNA 序列或者Gene ID 等信息即可，设计好后交您确认，如果抑制效 率达不到70 % (转染效率至少90 %)，我们免费重新设计和合成。 ‐ 2 ‐    2.3 百奥迈科(Biomics) siRNA 产品简介 ● siRNA 合成： 本公司拥有siRNA 合成所有核心技术和专业合成团队，合成规模达到克级 (一次合成 量1 - 100 g)，不但能够满足细胞水平实验小试，更能满足动物实验中中试放大的要求。 ● 标记 可对siRNA 两条链的4 个末端进行多种标记物的标记，包括FAM 、Cy3、Cy5、胆固醇 (cholesterol)、Biotin 等，以便根据实验要求监测siRNA 抑制特异性基因表达的效果。 ● 修饰： 提供siRNA 的化学修饰，主要有2 ’-羟基甲基化修饰，磷酸硫代修饰，氟代修饰等。 ● 纯化： HPLC 纯化。 ● 长度： 19-23nt，亦可根据设计要求合成相应长度的siRNA 。 ● 产品形式： 冻干粉 ● 储存和稳定性： 建议在- 20 °C 的环境中贮存，避免反复冻融，可保存6 个月。荧光标记的RNA 必须 避光保存。 ● 技术数据表： 技术数据表与siRNA oligo 一同交付，包括名称、序列、浓度、OD 和nmols 的精确数