DNA计算编码研究及其算法.pdfVIP

第 7 期 电　　子 　　学 　　报 V o l. 34 　N o. 7 　2006 年 7 月 A C TA EL EC TRON ICA S IN ICA Ju ly　2006 　 DNA 计算编码研究及其算法 朱翔鸥1, 2 ,刘文斌 1, 2 , 孙 　川2, 3 ( 1温州大学计算机科学与工程学院, 浙江温州 325027; 2 华中科技大学系统科学研究所 , 湖北武汉 430074; 3 黄石理工学院机电工程系 ,湖北黄石 435003) 编码问题仍是 目前 DNA 计算中的重点和难点之一 , 实践证明通过有效的编码设计能够提高 DNA 　　摘 　要 : 　 计算过程中可靠性. 本文介绍了约束条件的生物学特性 , 分析了约束条件与编码数量的关系, 并给出编码的计数 公式. 文中设计了一种基于三字母表 {A, T, C }的线性码的编码构造算法 , 并对运行结果进行了比较分析 , 同时分 析了结果编码的热力学性质. 最后指出 DNA 计算编码存在的问题及下一步的研究方向. 关键词 : 　DNA 计算; 编码; 线性码; 算法; 中图分类号 : 　TP 18　　　文献标识码 : 　A 　　　文章编号 : 　0372 2 112 ( 2006) 07 1169 06 Research on the D NA W ords and A lgor ithm 1, 2 1, 2 2, 3 ZHU X iang ou , L IU W en b ing , SUN C hu an ( 1C o llege of C omp u ter Sc ience and Eng ineer ing, W enzhou U n iversity, W enzhou, Zhej iang 325027, Ch ina; 　　　　　　 2 System Sc ience Resea rch Institu te, H uazhong U n iversity of Sc ience and Techno logy, W uhan, H ube i 430074, Ch ina; 　 3 D ep a rtm en t of M echan ic and E lectron ic Eng ineer ing, H uangsh i Institu te of Techno logy, H uangsh i, H ube i 435003, Ch ina ) A b stract: 　The encod ing p rob lem is a m ost fundam en ta l issue in DNA based com p u ting, and lots of exp erim en ts have show n that the re liab ility of th is new p arad igm can be im p roved sign ifican tly th rough app rop riate encod ing strate gy. Th is p ap er in troduces various constra in ts and the re lation b