利用传递不平衡分析在多群体中鉴别猪脐疝易感基因.pdfVIP

Hereditas (Beijing) 2014 年 10 月, 36(10): 995 ―1005 研究报告 利用传递不平衡分析在多群体中鉴别猪脐疝易感基因 1 1 1,2 1 1 1 1 1 宿英 ，龙毅 ，阮国荣 ，吴丽花 ，张志燕 ，肖石军 ，邓玮芸 ，吕显山 ， 1 1 1 1,3 1 1 胡豆 ，吴国灶 ，沈虎群 ，廖信军 ，丁能水 ，黄路生 1. 江西农业大学，动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045 ； 2. 福建农业职业技术学院，福州 350119 ； 3. 井冈山大学生命科学学院，吉安 343009 摘要:在本实验室前期利用白色杜洛克×二花脸F2 资源家系开展脐疝易感位点全基因组扫描定位的基础上，文 章在7 号染色体上的SWR1928 和 10 号染色体上的SW830 易感标记区域，结合脐疝发病机制在多群体中进行 脐疝位置功能候选基因的筛选和易感位点的精细定位。在两个显著关联的微卫星位点区域搜寻到 12 个位置功 能候选基因，采用比较测序法，选取12 个候选基因内共计40 个 SNP 位点在白色杜洛克×二花脸资源家系F2/F3 脐疝群体中进行基因分型，利用 Plink v1.07 软件对基因型数据进行质量控制和传递不平衡(Transmission dise- quilibrium test ，TDT)分析。结果表明，IL16 (Interleukin 16)基因中的g.708CT 位点和 CDC73(Cell division cycle 73) 基因中的 g.10664GA 位点与脐疝的关联性达到显著水平(P0.05) 。对这两个位点在西方商业猪种脐疝患病家 系中进行基因分型和TDT 验证分析，发现CDC73 基因中的g.10664GA 位点仍与猪脐疝呈显著关联(P0.05) 。 同时对CDC73 基因中与资源家系脐疝呈弱相关的两个 SNP 位点g. 10546AG 和g. 10811AG 在西方商业猪种 中进行TDT 验证分析，发现这两个 SNP 位点与商业猪种脐疝发生的关联性达到极显著水平(P0.01) 。根据文 章的分析结果，结合脐疝发生的生理机制及CDC73 基因的生物学功能，推测 CDC73 基因可能为猪脐疝发生的 易感基因。 关键词: 猪；脐疝；位置功能候选基因；TDT 分析；CDC73 收稿日期: 2014−03−16; 修回日期: 2014−08−11 基金项目: 国家自然科学基金项目(编号 ，教育部新世纪优秀人才计划项目(编号：教技函[2012]80)，国家科技支撑项目(编号： 2011BAD28B01)和江西省现代农业产业技术体系建设专项资金(编号：JXARS-03)资助。 作者简介: 宿英，硕士，专业方向：动物遗传育种与繁殖。E-mail ：x ； 龙毅，博士，研究方向：动物遗传育种与繁殖。E-mail ：longyilongyily@163.com 宿英和龙毅同为第一作者。 通讯作者: 丁能水，博士，研究员，博士生导师，研究方向：动物育种新技术研究。E-mail: dingyd2005@ 致 谢: 本文脐疝样本的采集得到江西正邦集团辖属种猪场、广西农垦永新畜牧有限公司良圻原种猪场、广西杨翔农牧有限公司、广东华 农温氏畜牧股份有限公司、河南正阳诸美原种猪场、海南罗牛山种猪育种有限公司、安徽长风农牧科技有限公司、福建省永诚华 多种猪有限公司、山东省日照原种猪场等全国15 个原种猪场的大力支持，在此一并感谢！ DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0995 网络出版时间: 2014-9-2 10:34:34 URL: /kcms/detail/11.1913.R1049.004.html 996 Hereditas (Beijing) 2014 第36 卷 Identificat