[南京农业大学][生物信息课件]电子克隆的原理和应用解读.pptVIP

什么是电子克隆？ 电子克隆的条件和特点； 电子克隆的思路和具体例子； 电子克隆中最常见的问题及解决办法； 电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍； 电子克隆的应用前景; ????? 首先：什么是基因克隆？ 传统的基因克隆指什么？ 电子克隆（in silico cloning）是近年来伴随着基因组和EST计划发展起来的基因克隆新方法，它的主要原理是利用日益发展的生物信息学技术，借助电子计算机的巨大运算能力，通过EST或基因组的序列组装和拼接，利用RT-PCR的方法快速获得功能基因。 基于原理：物种同源蛋白氨基酸序列相似性（保守性） 3 OsG6PDH 的克隆 3 OsG6PDH 的克隆 4 OsG6PDH 的克隆 3 OsG6PDH 的克隆 有时也可以： 3 OsG6PDH 的克隆 3 OsG6PDH 的克隆 3 OsG6PDH 的克隆 3. OsG6PDH 的克隆 3. OsG6PDH 的克隆 3. OsG6PDH 的克隆 4. Os6PGDH 的克隆： 4. Os6PGDH 的克隆： 4. Os6PGDH 的克隆： 3. OsZFP 基因家族的克隆： 3. OsZFP 基因家族的克隆： 3. OsZFP 基因家族的克隆： 常用的序列数据库-- GenBank 常用的基因组分析软件： 常用的基因组分析软件： 与玉米6PGDH （AF061837）匹配的部分水稻ESTs EST contig 设计PCR引物 水稻各种组织 分别提取总RNA 合成cDNA第一链 水稻锌指蛋白氨基酸序列 搜索水稻基因组库 水稻锌指蛋白基因序列 PCR扩增 克隆 EST拼接 OsZFP基因家族的电子克隆流程图 ? OsZFP家族 逐个对每个ZFP基因进行完整性分析 基因表达特性分析. 设计引物, PCR扩增. 有时难以确定5’端完整性： 序列比较 Kozak规则[A/GNNAUGG] 起始密码子上游的同阅读框序列中是否存在终止密码子 Northern杂交 RACE技术 4.电子克隆中最常见的问题及解决办法 有时候难以确定其表达的时期和条件： EST的表达时期(Unigene数据库、EST profile) 其他类似基因的表达时期 从多组织进行扩增（尤其是基因家族的分离） 查询GEO数据库 4.电子克隆中最常见的问题及解决办法 GenBank 包括了所有已公布的基因组、EST数据。 Nr 无冗余数据库（包括mRNA,DNA...） dbEST 数据库 GenBank提供的检索工具——BLAST Standard nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] Standard protein-protein BLAST [blastp] Nucleotide query - Protein db [blastx] Protein query - Translated db [tblastn] Nucleotide query - Translated db [tblastx] 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 FGENESH: 最好的分析软件，可以预测多种生物的基因组结构，包括转录起始位点，编码区以及转录终子位点。 GenScan: /genscan.html 只能进行人、拟南芥和玉米的分析 RiceGAAS:http://ricegaas.dna.affrc.go.jp RiceHMM: http://rgp.dna.affrc.go.jp/ricehmm SplicePredictor: Web Gene: http://125.r.it/~webgene/ 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 启动子TATA-box/TSS预测： /seq_tools/promoter.html 选择起始密码子上游2Kb的序列进行启动子区域的预测，同时还可以标出转录起始位点的位置，可以与softberry的结果进行验证比较。 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 TSS 电子拼接: :9090/clone.html 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 毫无疑问，人类的电子克隆将得到进一步的发展，越来越多的基因将通过电子克隆的方法获得，功能基因组学的研究将兴起。 植物中目前只有拟南芥和水稻公布了基因组序列，将在电子克隆中占据主要地位。尤其是水稻基因的克隆将越来越多的利用发布的序列信息资源。 6.电子克隆的应用前景 随着遗传图谱与