STS数据库介绍概述.pptVIP

STS数据库介绍 目录 STS 定义 STS范畴 STS产生 STS数据来源 STS内容 STS作用 STS使用 STS定义 序列标签位点（Sequence Tagged Sites, STS）是基因组序列标记位点，是对以特定的引物序进行PCR特异扩增的一类分子标记的统称。序列标志位点是一种短（200到500碱基对）序列，在基因组的位置和碱基序列是已知的。 STS范畴 dbSTS属于NCBI资源，与GenBank 、dbEST 、Gene、dbSNP、MGI等数据库相关联。 STS 产生 STS数据库是由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护。 STS数据来源 数据来源可以分为两部分：用户直接提交，以及生物信息科学数据共享平台根据需要从其他生物信息中心（如NCBI、EBI）下载的STS序列数据。STS数据库接受研究者、研究组织、基因组测序项目和专利申请者提交的STS序列数据并予以发布，注册用户可以通过FTP批量提交数据。 STS内容 STS的作用 序列标志位点可以很容易地检测聚合酶链反应（聚合酶链反应）用特定引物，因此能被广泛应用于从不同文库得到的大量测序数据的基础上进行遗传构建和物理图谱构建。它们对于基因组的物理图谱构建具有里程碑的意义。 STS使用技巧 STS数据库提供了限定词查询，以缩小查询的范围。可以使用的限定词有ID、Name、CAC、DNA Type、Entry Date、Library Name、Tax ID、Organism和Submitter Name等9种。STS数据库最多可同时使用三个限定词，限定词之间可以“AND”和“OR”连接，其中“AND”表示查询的结果中必须包含它所连接的两个关键词，“OR”表示查询的结果中至少包含它所连接的关键词中的一个。 STS 的使用 打开NCBI 主页 在Search 后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR 后面填写目的基因。列如胰岛素（INS）操作完毕如图所示： 点击GO 以后出现以下页面， 基因位点 文章名 根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），下面以点击第一个进入的画面为例。 你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR 之后的片段长度也是给了的（150bp）。 下面还有很多相关的信息…… 如下图 引物 PCR长度 Genebank序号 基因长度类型 收录日期 名称 关键词 来源 引物序列 PCR片段长度 反应体系 反应条件 引物序列 PCR片段长度 反应体系 引物序列 PCR片段长度 反应体系 引物序列 PCR片段长度 反应体系 引物序列 PCR片段长度 反应体系 引物序列 反应条件 PCR片段长度 反应体系 引物序列 由以上可以看出，用STS数据库搜索胰岛素PCR过程中的引物序列，具有简洁，快速的特性，且信息量丰富，可读性强的特点。 STS使用注意事项 使用STS可以很容易的查到已经公布到数据库里的引物序列，但对数据库未收录的引物序列尚不能查询，有一定的局限性，用STS查询不到的引物序列大家可以查询文献。 谢 谢 ! 不足之处请批评指正！