生物信息学概论分析.ppt

基于机器学习方法的几类药物靶标酶抑制剂的分类预测研究 生 物 信 息 学Bioinformatics(BF035018) 生命科学学院 吕巍 lvwei_star@163.com 主要学习内容 生物信息学总体印象（第一章） 生物信息学用到什么？（第二章） 生物信息学能做什么及怎么做？（第三、四、五章） 生物信息学的实际应用（第六章） 教学目的 掌握生物信息学的基本理论和专门知识； 掌握生物信息学数据库的查询、检索和利用； 掌握核酸及蛋白质序列比对方法； 了解人类基因组计划意义及应用前景。 参考教材 罗静初等译，《生物信息学概论》，北京大学出版社 赵国屏 等，《生物信息学》，科学出版社，2002 李衍达 孙之荣 等译，《生物信息学－基因和蛋白质分析的实用指南》，清华大学出版社，2000 张成岗 等，《生物信息学方法与实践》、科学出版社，2002 D.R.Wedthead 等， Bioinformatics, 科学出版社，2003 考核方法 理论考试（闭卷，占80％） 随堂提示重点难点知识，及课后练习题 课堂成绩（占20％） 出勤率，课堂表现，随堂练习成绩 第一章 概论 近年来，随着现代分子生物学的发展，特别是人类基因组计划的实施，不断产生出海量的分子生物学数据，这些数据数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。这样，生物信息学最终形成一门独立的学科并被推上了生物科学发展的最前沿。 一、生物信息学定义 1995年，在美国人类基因组计划第一个五年总结报告中，给出了一个较为完整的生物信息学定义：生物信息学（Bioinformatics）是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 广义概念 生命科学与数学、计算机科学和信息科学交汇融合形成的一门交叉学科，应用先进的数据管理技术、数学分析模型和计算软件对各种生物信息进行提取、储存处理和分析，旨在掌握复杂生命现象的形成模式与演化规律。 具体地说，生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，找到基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区；同时，阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律；在此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。 生物信息学主要研究两种信息载体 核酸分子（DNA、RNA） 蛋白质分子 生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息 二、生物信息学发展史 1866年孟德尔从实验上提出了假设:基因是以生物成分存在。 1953年James Watson 和Francis Crick推测出DNA的三维结构(双螺旋). 他们的理论奠定了分子生物学的基础。Crick于1954年提出了遗传信息传递的规律,DNA是合成RNA的模板,RNA又是合成蛋白质的模板,称之为中心法则(Central dogma)。 2001年,人类基因组工程测序的完成,使生物信息学走向了一个高潮。 生物信息学的产生 20世纪后期，生物科学技术迅猛发展，无论从数量上还是从质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源。 寻求一种强有力的工具去组织这些数据，以利于储存、加工和进一步利用。 另一方面，以数据分析、处理为本质的计算机科学技术和网络技术迅猛发展，并日益渗透到生物科学的各个领域。 于是，一门崭新的、拥有巨大发展潜力的新学科——生物信息学——悄然兴起。 生物信息学经历三个阶段 基因组前期：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作； 基因组年代：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）； 后基因组年代：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。 20世纪50年代，生物信息学开始孕育。 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来。 20世纪70年代，生物信息学的真正开端。 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法 。 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库。 20世纪90年代后 ，人类基因组计划促进生物信息学的迅速发展。 三 与生物信息学相关的概念 序列测定 基因组计划 模式识别和结构功能预测 蛋白质折叠 同源性与相似性 序列测定，是获得序列数据的基本方法，分为蛋白质序列测定和核酸序列测定。 第一个完整多肽（胰岛素）于1955年ryle等人完成。 埃德曼