生物信息学绪论分析.ppt

生物信息学 Bioinformatics;绪论; 通过国际合作，用15年时间(1990～2005)至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图 ，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其它生物进行类似研究。 1990, 1996, 1998, 1999, 2001 ;我国自主产权的全基因组测序计划;绪论;第二节 生物信息学及其发展历史 ; 八十年代末期，马来西亚的美籍学者林华安（Hwa A. Lim）认识到将计算机科学与生物学结合起来的重要意义，开始留意要为这一领域构思一个合适的名称。起初，考虑到与将要支持他主办一系列生物信息学会议的佛罗里达州立大学超型计算机计算研究所的关系，他使用的是“CompBio”；之后，又将其更改为兼具法国风情的“bioinformatique”，看起来似乎有些古怪。因此不久，他便进一步把它更改为“bio-informatics（或bio/informatics）”。但由于当时的电子邮件系统与今日不同，名称中的-或/符号经常会引起许多问题，林博士于是将其去除， “bioinformatics”就正式诞生了，林博士也因此赢得了“生物信息学之父”的美誉。 ;生物信息学; 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家;生物信息学 基本思想的产生 ; 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展;1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”； 1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化； 1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR； 1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献； 1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法； 1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序； 1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念；;1982: GenBank第3版本正式发行； 1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列搜索算法； 1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生； 1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生； 1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生； 1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生； 1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA； 1990: 快速相似性序列搜索算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用 1996: Affymetrix生产出第1块DNA芯片。; 第三节 生物信息学主要研究内容 ;生物信息学主要研究内容;生物信息学主要研究内容; 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家;概念（广义）;概念（狭义）;Bioinformatics; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;基因的DNA序列;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生 物 分 子 信 息;生物分子信息的特征;;How Much Data - PDB;基因组 数据库 ;165000个物种！超过100GB的碱基数目！！;;生物信息学主要研究内容; 数据库搜索及序列比较 ;数据库搜索及序列比较 ;生物信息学主要研究内容;基因组序列分析 ;UTR 内含子 启动子 基因之间的序列 ……;生物信息学主要研究内容;基因表达数据的分析与处理;基因芯片;生物信息学主要研究内容;蛋白质结构预测 ;复杂结构分析：