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利用Ion Trren测序平台和生物信息学分析几株细菌和病毒基因组
目录
目 录
缩略词表………………………………………………………………………………1
摘要……………………………………………………………………………………2
Abs仃act…………………………………………………………………………………………………………．．6
前言…………………………………………………………………………………．．11
第一章采用高通量测序技术分析病毒基因组末端序列特点……………………12
1．1前言…………………………………………………………………………12
1．1．1病毒和噬菡体简介…………………………………………………．12
1．1．2病毒和噬菌体的组装………………………………………………．12
1．1．3病毒和噬菌体基因组末端类型……………………………………．14
1．1．4病毒和噬菌体基因组DNA与蛋白组装…………………………．．14
1．1．5本研究内容………………………………………………………．．15
12材料与方法…………………………………………………………………17
1．2．1实验材料……………………………………………………………17
1．2．2实验方法……………………………………………………………19
1_3结果…………………………………………………………………………．．24
1．3．1高通量测序中的高频序列即是病毒基因组的末端序列…………．24
1．3．2噬菌体T3基因组重测序…………………………………………．26
1．3．3
N4类噬菌体具有独特的基因组末端………………………………27
1．3．4
T4类噬菌体末端酶以序列倾向性的方式对基因组进行切割……29
1．3．5利用NGS获得的噬菌体基因组末端特征………………………．．35
1．4讨论…………………………………………………………………………………………………43
第二章虹彩病毒AMIV的分离、鉴定及全基因组测序…………………………47
2．1引言…………………………………………………………………………47
2．2材料和方法…………………………………………………………………48
2．1．1微小按蚊的收集、分类和冻存……………………………………．48
2．1．2病毒AMⅣ分离……………………………………………………48
2．1．3病毒AMIV扩大培养、病理过程观察……………………………48
2．1．4透射电子显微镜观察AMIV病毒颗粒形态………………………49
2．1．5病毒AMIV核酸提取………………………………………………49
2．1．6高通量测序和生物信息学分析……………………………………．50
2．3结果…………………………………………………………………………50
万方数据
目录
2，2．2
AMIV的全基因组组装……………………………………………。5l
2．2．3病毒AMIV同源性分析……………………………………………51
2．2．4病毒AMIV全基因组图谱与比较基因组分析……………………52
2．2．5病毒AMlV形态的电镜观察………………………………………53
2．2．6病毒AMIV进化分析………………………………………………54
2．2．7病毒AMⅣ致细胞病变……………………………………………55
2．2
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