鼠疫耶尔森氏菌较和进化基因组学研究.pdf

中文摘登 鼠疫鄢尔森氏麓比较和进化基因组学研究 摘要 鼠疫耶尔淼氏菌怒鼠疫的病原体，历史上曾引起三次世界鼠疫大流行。鼠疫耶 尔森氏菌耀在1500～20000年前由假结核耶尔森氏菌进化而来的，作为一个新生的 病原体，正处于进化的活跃时期。本研究研制了鬣疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯 片(镦点阵)，瞄缓络棱鄂尔森氛菌为参照，针对大量褥景清楚豁鼠疫郡尔森氏菌 菌撼，进行了比较和遴化基因组学研究，较深入地认识了鼠疫耶尔森氏嫠的起源进 化，建立了鼠疫邸尔森氏菌基因组分型的策略和方法，据此进行了系统发育分析， 认识了鼠疫耶尔森氏精基因组进化和种内分化的基本规律，搽究了鼠疫耶尔森氏菌 在中国的传播和演化撬律，从基麟组避化的角度探究了鬣疫耶尔森氏菌演化与生态 位逡应豹关系，为鼠疫痰浚王{譬提供了耘愚路。 基予DNA芯片的鼠疫耶尔森氏赣比较基因缎学分辑 繁翌鼠疫耶尔森氏菌全基因组数据，从中挑选出4005条基因，PCR扩增各基因， 纯化的PCR产物点祥制备全基因组DNA芯片。采用双色荧光杂交策略，进行芯片 眈较基因缀杂交，设计了若干厦控杂交组合，据诧成功建立了基予DNA芯片的鼠 疫耶尔森氏菌比较基毅组学技术平台。 中国鼠疫鄢尔淼氏菌的基因组分溅 针对36株鼠疫耶尔森氏菌中国分离株和7株假结核耶尔森氏菌，进行了DNA 它销在某璧藏疫郓尔森氏盛蓠株中缺失，丽在余下菌株中剐没有缺失。遗过大溉模 PCR，分橱了这些DFR在260拣鼠疫郄尔淼氏莹中垦分离拣霹7株假缝棱萤中蟾 分布。该260株鼠疫耶尔森氏菌具有14种DFR图谱，据此将中国鼠疫耶尔森氏菌 分成了14个基因组型。 鼠疫耶尔森氏菌基国缀韵平行徽j茳亿 DFR静获褥或筑失反浚了鬣疫臻尔森氏蓉在鑫然赛逶应性滨纯懿遗传蓥磁， 据此基本探嚷了鼠疫邸尔淼氏菌基因组的起源进化秘静内微进化的基本娥律，揭示 了基因获得和缺失在鼠疫耶尔森氏菌基因组进化中的作用。由假结核耶尔森氏菌进 中文摘要 纯至蔽疫臻尔森氏蘧，嚣考获餐了嚣个囊屡粒移三令基爨缀鑫。乡}滚基因静获褥壹 接导致鼠疫耶尔森氏菌适应新的生态位，进化至现今的物种形态。鼠疫耶尔森氏菌 耪内正经历蓑典型蕊基因组乎行微进化过程：邋过基鑫水平获得，鼓疫耶尔森氏蓥 基因组在选择性扩张，导致了鼠疫耶尔森氏菌种内的剧烈分化(东方型菌株的起 源)；同时基因缺失在不断发生，推动了鼠疫耶尔森氏菌豁困组的筒灼进化。藻困 缺失包括完整基因或DNA区段(DFR)的缺失，以及通过点突变单个基因丧失其 功能或不能正常体现功能。 鼠疫鄢尔森氏蓥弦蠢然疫澈墙审靛莲液牲演驻 鼠疫耶尔森氏菌的基因组型均局限于特定的地理区域，通常是完整的鼠瘦自然 疫源蘧藏其部分遮藏，每个建理区域郄有萁独黪熬巧境、密主、鼠疫繇零森氏蕤缀 合。根据鼠疫耶尔森氏菌基因组型的进化特征，我们推定了鼠疫耶尔森氏菌在中国 传摆与演佬的趣终。中国鼠疫邵尔森氏蓬由国辩传入——中亚积苏联运东地区熬古 典型鼠痰耶尔森氐菌，分别传入中国的新疆西藏地区和东北地区，进一步形成三大 演化分支，每个分支态均包捂了若干个基因组型。 在逸尔文进化论的基本榧架下，我们试图建立基因组遗传进化与鼠疫耶尔森氏 菌表型适应性演化之间的内在联系。地理景观和自然生境决定了宿主和媒介的种类 及其生态学特{正，宿主、媒介、鼠疫邪尔森氏麓楣互作用静复合体(稼{睾宿主生态 位)决定了鼠疫耶尔森氏菌的存在。～个特定的宿主生态位，不仅决定着鼠疫耶尔 森氏萤在鑫然器翡长期存在，两且决定着其型爨。基嚣缝豹乎嚣遗纯在表墅上]囊接 表现为：鼠疫耶尔森氏菌扩展至不同的地理区域中，分别邋应不同类型的宿主生态 位，最终在各个遗疆区域中形成稳定黪叁然疫港性，鼠疫郄尔森氏嫠滨ff皂或名副其 实的多宿主病原体。鼠疫耶尔森氏菌邋应于不同宿主生态位本质上怒个种内分化的 过程，由此，鼠疫弱尔森氏壤在种以下形成不同螅遗传型别，不同型剐鼠疫耶尔森 氏菌最终局限于特定地理区域，有效地避免了彼此间的生态位重叠。 一个赣的鼠疫耶尔森氏菌生物型——幽鼠型 根掘糖醇代谢能力的异阊，鼠疫耶尔森氏麓历史上被分成三个生物垒：古典型 (甘油酵解和脱氮均阳性)、中世纪型(甘油酵解阳性而脱氮阴性)和东方型(甘 油酵解鞠性而短鬣鬻性)。入类历史．蔓酱壳后笈生过赘三次鬣疫-匿器大流行，上述 生物型分别与前后三次大流行联系在一起。我围共有两块豳鼠鼠疫自然疫源地，分