鼠疫耶尔森氏菌菌体Yep-phi基因组研究及其受体鉴定.pdf

1 目录 目录 目录 1 摘要 1 Abstract3 缩略语 5 前言7 1. 噬菌体7 2. 鼠疫耶尔森氏菌 10 3. 鼠疫菌噬菌体 11 4. 鼠疫菌噬菌体受体研究 16 5. 本研究的目的与主要内容 17 第一章 鼠疫菌噬菌体Yep-phi 全基因组测序 19 1. 前言 19 2. 材料与方法20 2.1 菌株 20 2.2 酶和试剂盒 20 2.3 噬菌体的铺平板培养 20 2.4 通过平板裂解和洗脱制备噬菌体原种 21 2.5 噬菌体大规模培养（高复数感染法） 22 2.6 噬菌体纯化 22 2.7 电镜观察噬菌体形态 23 2.8 噬菌体DNA 提取 23 2.9 噬菌体DNA 鸟枪法测序 24 2.10 噬菌体基因组一般特性分析 25 2.11 基因预测及功能注释 25 2.12 噬菌体DNA 结构鉴定 25 2.13 噬菌体DNA 末端重复序列鉴定 26 2.14 噬菌体对假结核菌的裂解情况 27 2.15 蛋白质组学分析 28 2.16 比较基因组学分析 28 1 目录 3. 结果与讨论29 3.1 噬菌斑形态 29 3.2 噬菌体形态 29 3.3 噬菌体DNA 提取 30 3.4 噬菌体基因组特征 30 3.5 基因预测及功能注释 31 3.6 基因组结构鉴定 39 3.7 末端鉴定 39 3.8 对假结核菌的裂解 39 3.9 蛋白质组学 42 3.10 比较基因组学分析 43 3.11 对Yep-phi 亚群的重组分析 45 4. 小结46 第二章 鼠疫菌噬菌体Yep-phi 受体鉴定47 1. 前言47 2. 材料与方法49 2.1 菌株与质粒 49 2.2 主要试剂 49 2.3 主要仪器 49 2.4. 蛋白表达与纯化 49 2.5 多克隆抗体制备 52 2.6 尾丝蛋白与噬菌体竞争吸附鼠疫菌实验 53 2.7 尾丝蛋白抗体阻断噬菌体吸附实验 53 2.8 受体性质鉴定 54 2.9 蛋白类受体鉴定 54 2.10 突变株的构建 55 2.11 回补株的构建 59 2.12 突变株与回补株的吸附效率评价 61 2.13 突变株与回补株的裂解效率评价 62 2.14 蛋白质相互作用的Western Blotting 验证 62 2 目录 2.15 尾丝蛋白截短体构建、表达与纯化 63 3. 结果与讨论67 3.1 尾丝蛋白氨基酸序列比对 67 3.2 尾丝蛋白表达与纯化 69 3.3 尾丝蛋白与噬菌体竞争吸附鼠疫菌 70 3.4 尾丝蛋白抗体阻断噬菌体 71 3.5 噬菌体受体性质 71 3.6 蛋白类受体鉴定 72 3.7 外膜蛋白表达与纯化 75 3.8 突变株与回补株的构建 75