2008年河南埃柯病毒25型基因特征分析.pdfVIP

摘要 摘要 目的 近年来，由ECHO病毒引起暴发疾病逐渐增多，但由于完整系统监测资料的 缺乏、对肠道病毒病原特性及危害性的认识不足以及病原检测技术的落后，中 国在有关肠道病毒生物信息学资料的积累方面仍然十分贫乏，对该病的防治工 作极为不利。肠道病毒频繁的基因重组以及遗传变异、新型肠道病毒(EV79、 91等)的不断出现，提示我们应该加强对肠道病毒的流行病学监测与实验室检 测，开发研究肠道病毒非结构编码序列，了解病毒基因重组及抗原性改变情况， 建立快速、准确、标准化的分子生物学检测方法。河南省于2008年从病毒性脑 炎患者脑脊液中分离出4株ECH025，鉴于目前世界肠道病毒基因组数据库中， Human viruses 组信息。为了解河南ECH025病毒(Entric Orphan Cytopathic Type25)分离株基因变异情况、病毒基因组不同区域在病毒基因进化中是否表 现相对独立、与其他肠道病毒B组间同源性及其重组情况，特对河南省分离的 ECH025进行基因序列的测定。 方法 逆转录．聚合酶链反应(RT．PCR)扩增出病毒VPl蛋白编码基因及全基因序 列并进行序列测定，VPl区经CLUSTALX1．81将河南4株ECH025分离株及所有 参考毒株对齐后用MEGA4．0邻位相连法(N．J)建树。全基因序列分析采用 苷酸的步伐从基因组5’端向3’端方向滑动进行相似性及重组分析。DNAStar中的 Protean分析其氨基酸组成、二级结构、亲水性及表面抗原等。 结果 92．4‰97．5％；其中HN．35洛阳分离株核苷酸变异最大，与其余3株河南分离株 洛阳分离株之间高度同源，其核苷酸同源性达99．O％：4株ECH025河南省分离株 摘要 与原型株JV一4核苷酸同源性最低，为79．2％--80．1％；所有参考序列间氨基酸同源 性较高，为89％～98．9％，核苷酸同源性相对较低，为77．10／o,．,98．1％； 2．河南省4株ECH025同属B1基因亚型； 酸差异为30．9％一40．1％：P2、P3核苷酸差异为11．0‰19．4％； 蛋白(VP4．VP2，VPl)编码基因； 5．河南分离株氨基酸组成以非极性的亮氨酸最多，占7．9％；其次是非极性的 缬氨酸，占7．8％；极性的色氨酸最少，占1．5％。二级结构以p折叠为主，其次为 0【螺旋和D转角，少有无规则卷曲，亲水性高，存在多个潜在的抗原表位位点。 结论 1．与国外原型株JV4不同，已形成新的基因亚型B1； 2．与原型株JV-4相比，HN．02株编码区发生沉默突变，其核苷酸变异并不 影响氨基酸序列的变化； 各分区在基因进化中并不同步。 关键词：埃柯病毒25型全基因序列 基因特征分析 U Abstract Objective Inrecent causedthe years，disease Echovirusincreased by lackof gradually，the data complete onthe systemmonitoring and the pathogens，knowledge pathogen detection