第三章 信号转导网络课件.ppt

网络拓扑属性 在拓扑属性上, 信号转导网络具有无尺度性质； 海马趾的CA1神经元细胞中信号网络的连接度分布曲线, 连接度分布满足P(k)~k?2.21 (P=2.62×10?7). 结构分析 结构模块 通过鉴别各种内部高度连接的节点集合, 可以将生物网络划分成不同的结构模块, 模块是发挥特定的生物学功能的基本单位. 在信号转导网络中存在大量的结构模块, 如前馈和反馈回路等. 动态分析 按照时间性质分为信号活化和信号反应 EGF信号转导的基因互作网络 癌症信号转导网络 3.3.5 SubPathway Mining 3.3.5 SubPathway Mining 3.4 信号转导网络研究展望 信号转导网络中广泛存在的交叉调控关系是生物复杂性的体现, 与其承担的重要生物学功能有关, 同时也给信号转导网络的生物信息学分析带来了许多困难. 未来几年在该领域可能出现以下几个研究热点: (ⅰ) 对于大规模信号转导网络的结构属性分析 (ⅱ) 信号转导网络设计的生物信息学分析工具开发 (ⅲ) 利用信号转导通路识别疾病标志物及药物靶标. (iV) 动态模拟信号转导过程. 总结 网络重构的目的 重构的范围 重构的分析策略 MAP种类 转录因子 蛋白激酶 ERK Elk-1、 c-Fos、c-Jun Rsk2、P70S6K JNK c-Jun 、SP-1、ATF-2 P38 c-Myc、CREB、SP-1、ATF-2 PRAK、MSK 3.3 信号转导网络的生物信息学分析 研究信号转导是了解生命活动过程的重要途径. 已揭示的信号转导通路的作用机制分析和利用已成为热点问题。 采用生物信息学方法分析信号转导网络, 可以帮助人们认识细胞在整个生命过程中增殖、分化、代谢、癌变及死亡等诸方面调控方式。 信号转导网络分析现状 3.3 信号转导网络的生物信息学分析 3.3.1 信号转导网络的特点 3.3.2 信号转导网络的数据库资源 3.3.3 信号转导网络的建模和重构 3.3.4 信号转导网络的结构属性分析 3.3.5 SubPathway Mining 3.3.1 信号转导网络的特点 动态性 复杂性 专一性 细胞信号在细胞、组织之间动态的穿梭. 在信号转导通路中, 各种分子被激活完成信号传递, 然后恢复钝化状态, 准备接受下一波的刺激. 信号转导通路中各个反应相互衔接, 形成一个连续而又有序的反应过程, 完成动态的信号传递. 机体内蛋白质相互作用十分复杂, 一个信号往往不是单一传导, 而是存在许多其他蛋白或信号去增强它、抑制它, 构成了一个复杂的信号反馈系统, 从而保证了信号传导的精确性. 鉴于细胞内存在多条信号转导通路, 各条通路之间存在部分共同的信号分子, 为了保证对不同的刺激能够产生特定的细胞响应, 需要信号转导具有专一性. 比如配体与受体结构上的互补性. 3.3.2 信号转导网络的数据库资源 随着信号转导数据的不断积累, 有必要建立大规模的数据库收集已知的信号通路, 为解释生物过程和疾病机理提供帮助. 针对不同需求, 人们已经建立了多种生物通路和分子相互作用的数据库, 数据存储和展现形式各不相同. Biocarta 是目前覆盖范围最广的信号通路数据库, 包含了大量的通路细节知识, 方便进行单个分子的查询, 但是单个通路规模较小, 不提供批量下载. KEGG和Reactome作为经典的信号通路数据库建立时间较早, 图示清楚, 下载方便, 但与 Biocarta相比包含的通路数据不够全面. 京都基因和基因组百科全书 New 主要内容 3.1 细胞信号转导 3.2 细胞信号转导网络 3.3 信号转导网络的生物信 息学分析 3.4 信号转导网络研究展望 知识回顾 细胞信号转导：细胞感受环境信号、把这种信号转导入细胞内，并做出反应的过程。 信号转导的基本途径：细胞外信号分子被细胞的信号接收装置（受体）所感知，然后细胞内的信号转导装置（信号转导蛋白）被依次激活，信号借此逐步传递下去，最后，特定的靶蛋白（参与代谢的酶，基因调节蛋白，细胞骨架蛋白）被激活，由此引发细胞各种反应。 知识回顾 信号转导的特点：①同一细胞对不同的信号有不同的反应；②不同细胞对同一信号有不同反应；③信号蛋白通过特定结构域相互作用；④通过形成信号转导复合体, 提高信号转 导的速度、效率和特异性；⑤对于外源信息的反应信号的发生和终止十分迅速；⑥信号转导过程是多级酶反应，具有级联放大效应；⑦ 细胞信号转导系统具有一定的通用性； ⑧不同信号转导通路之间存在广泛的信息交流。 知识回顾 在细胞中，各种信号转导分子相互识别、相互作用将信号进行转换和传递，构成信号转导通路（signal t