三种水热条件下不同土壤的微生物和氨氧化细菌群落结构特征-汪峰解析.doc

硕士学位论文 三种水热条件下不同土壤的微生物和氨氧化细菌群落结构特征 汪 峰 指导教师 曹慧 副教授 孙波 研究员 专业名称 生 态 学 微生物分子生态学 答辩日期 二○○九年月MICROBIAL AND AOB COMMUNITY STRUCTURE OF DIFFERENT SOILS IN THREE CLIMATE CONDITIONS By Wang Feng Supervised by Associate Prof. Cao Hui and Prof. Sun Bo A Dissertation Submitted to Nanjing Agricultural University In Partial Fulfillment of the Requirements for Master Degree Completed in December, 2009 Commencement in December, 2009 原 创 性 声 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。 年 月 日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。 年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密□。 （请在以上方框内打“√”）? 学位论文作者（需亲笔）签名： 年 月 日 导师（需亲笔）签名： 年 月 日 目 录 摘 要 I ABSTRACT III 符号与缩略语说明 V 前 言 VII 第一章 文献综述 1 一、土壤微生物的多样性的研究进展 1 二、土壤微生物多样性的研究方法 5 三、氨氧化细菌(AOB)研究进展 12 参考文献 18 第二章 试验设计与材料方法 25 一、试验设计与采样 25 二、理化性质的测定 26 三、试验试剂 27 四、实验方法 27 参考文献 38 第三章 基于DGGE技术分析三种水热条件下不同类型农田土壤的微生物群落结构特征 39 1 结果分析 40 2 讨论 47 3 结论 49 参考文献 50 第四章 三种水热条件下不同土壤的氨氧化细菌amoA基因多样性比较分析 53 1 结果与分析 53 2 讨论 62 3 结论 64 参考文献 65 全文总结 67 创新之处 69 附录I 文中所用的培养基和试剂配方 71 附录II 攻 73 致 谢 75 三种水热条件下不同土壤的微生物和氨氧化细菌群落结构特征 摘 要 黑土、潮土和红壤是我国东部季风区广泛分布的三种农田土壤，弄清三种土壤在不同水热条件下的微生物群落结构特征，特别是影响氮素代谢的氨氧化细菌群落结构的特征，可以为我们在全球气候变化的背景下，提出适应性的施肥措施和土壤培肥技术。本文通过非培养的方法直接从土壤中提取总DNA，用细菌通用引物扩增16S rDNA V3区，通过DGGE技术分析土壤样品中的微生物群落结构；用氨氧化细菌amoA基因特异引物扩增总DNA，构建amoA基因文库，通过RFLP技术分析土壤样品中的氨氧化细菌群落结构特征。 基于三种土壤在三个气候带（寒温带黑龙江海伦－暖温带河南封丘－中亚热带江西鹰潭）的互置试验，对施肥条件下三种土壤的DGGE图谱分析表明，三种土壤的微生物种类均比较丰富，不同气候条件下相同土壤微生物在DGGE条带数量、位置和条带亮度上相似程度较高，其中红壤样品的条带数量要明显高于潮土和黑土。通过Quantity One 软件包定量分析表明，潮土和黑土的微生物种类大致相当，而红壤的种类要明显的高于二者；由寒温带到中亚热带，黑土和红壤微生物种类随着水热的增加而增多，但潮土在暖温带（封丘）微生物种类最高。聚类分析发现，总体上，不同气候条件下相同土壤类型的样品聚在一类；同时，黑土和红壤微生物群落结构的相似程度高，但与潮土相似性低。通过切胶回收条带的测序的结果发现，放线菌是土壤微生物的优势群。 通过构建9个amoA基因文库，获得30