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７６８ 核 农 学 报 ２０１３ꎬ２７(６):０７６８~０７７４
Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＮｕｃｌｅａｒＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ
文章编号:１０００￣８５５１(２０１３)６￣０７６８￣０７
茎瘤固氮根瘤菌Ａｚｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｃａｕｌｉｎｏｄａｎｓ
ＯＲＳ５７１基因组密码子使用偏好性分析
１ꎬ２ ２ ３ １ ２ １ꎬ２
王新新 吴 亮 朱生凤 赵 林 安 伟 陈宇
１ ２
( 天津大学环境科学与工程学院ꎬ天津 ３０００７２ꎻ 中海石油环保服务有限公司ꎬ
３
天津 ３００４５２ꎻ 中国海洋石油总公司ꎬ北京 １０００１０)
摘 要:目前对于自生固氮菌和共生固氮菌的密码子使用特征已有较深入的了解ꎬ然而对于既可以进行
自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有限ꎮ 本研究采用对应分析、相关分析和卡方检验等
方法对具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌ＯＲＳ５７１基因组密码子进行分析ꎬ以期深入了解该类固氮菌密
码子使用特征ꎮ 以有效密码子数量(ＥＮＣ)和密码子第３位ＧＣ含量(ＧＣ３ｓ)分别为ｘ、ｙ轴绘制ＥＮＣ￣ｐｌｏｔ
图谱ꎬ同时绘制描述仅受基因组碱基组成影响条件下的ＥＮＣ和ＧＣ３ｓ关系的期望曲线ꎮ 结果发现ꎬ部分
基因位于期望曲线上ꎬ说明该菌密码子偏好性受到了基因组碱基组成影响ꎮ 对应分析和相关分析表明ꎬ
包括固氮相关基因在内的全部基因在对应分析第１向量轴上的坐标值均与密码子适应指数和ＧＣ３ｓ呈
显著负相关(Ｐ００５)ꎬ说明该菌码子偏好性还受基因表达水平和ＧＣ３ｓ 的影响ꎮ ２２ 个密码子的使用
频率在高表达基因中显著增多ꎬ确定为最优密码子ꎮ 其中２１个密码子以Ｇ/ Ｃ结尾ꎬ说明最优密码子有
强烈的ＧＣ３ｓ偏好ꎮ
关键词:对应分析ꎻ相关分析ꎻ卡方检验ꎻ 固氮ꎻ最优密码子
大多数物种并不是均衡地使用每个密码子来编码 自生固氮菌以及弗兰克氏菌(Ｆｒａｎｋｉａ)、苜蓿中华根瘤
氨基酸ꎬ而是常常倾向于选择其中的一种或多种ꎬ表现 菌 (Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｍｅｌｉｌｏｔｉ) 和 大 豆 慢 生 根 瘤 菌
出密码子偏好性ꎮ 对于这一现象ꎬ目前“选择 －突变 (Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｊａｐｏｎｉｃｕｍ)等共生固氮菌的密码子使
[１] [９－１２]
平衡”假说给予了较好的解释 ꎮ 由于进化过程中选 用特征已有较深入的了解 ꎮ 然而对于既可以进
择压力的存在ꎬ导致物种倾向于使用某些密码子ꎮ 然 行自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有
而由于自然突变ꎬ基因组中也存在各种非最优密码子ꎮ 限ꎮ 近些年来ꎬ具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌
物种最终表现出的密码子使用特征就是这两种因素综 (Ａｚｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｃａｕｌｉｎｏｄａｎｓ)ＯＲＳ５７１菌株已经完成基因
合作用的结果ꎮ 因此ꎬ密码子偏好性的研究有助于理 组测序ꎬ为了解其密码子使用特征提供了基础[１３－１４]ꎮ
解物种的进化压力和自然突变的关系ꎬ从而揭示其在 本研究采用多元统计分析、相关性分析和卡方检验等
特定生存环境下的进化特征[２－６]ꎮ 除此之外ꎬ对密码
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