16S rRNA基因在微生物生态学中的应用.pdfVIP

第 35 卷第 9 期 生 态 学 报 Vol.35,No.9 2015年5月 ACTA ECOLOGICA SINICA May,2015 DOI:10.5846/ stxb201306181726 刘驰,李家宝,芮俊鹏,安家兴,李香真.16S rRNA基因在微生物生态学中的应用.生态学报,2015,35(9):2769鄄2788. Liu C,LiJ B,Rui J P,An J X,Li X Z.The applications of the 16S rRNA gene in microbial ecology:current situation and problems.Acta Ecologica Sinica,2015,35(9):2769鄄2788. 16S rRNA基因在微生物生态学中的应用 1,2,3 1,2 1,2 1,2 1,2,* 刘摇 驰 ,李家宝 ,芮俊鹏 ,安家兴 ,李香真 1 中国科学院环境与应用微生物重点实验室,成都摇 610041 2 环境微生物四川省重点实验室,中国科学院成都生物研究所,成都摇 610041 3 中国科学院大学,北京摇 100049 摘要:16S rRNA (Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物 (Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。 近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于 16S rRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16SrRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基 因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准 确性。 对当前使用16SrRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种 分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题。 关键词:16S rRNA基因;微生物群落;多样性;高通量测序;生物信息数据处理 The applications of the 16S rRNA gene in microbial ecology:current situation and problems 1,2,3 1,2 1,2 1,2 1,2,* LIU Chi ,LI Jiabao ,RUI Junpeng ,ANJiaxing ,LI Xiangzhen 1Key Laboratory of Environmental andAppliedMicrobiology,ChineseAcademy of Sciences,Chengdu 610041,China 2EnvironmentalMicrobiology Key Laboratory of Sichuan Province,ChengduInstitute of Biology,ChineseAcademy of Sciences,Chengdu 610041,China 3 University of ChineseAcademy of Sciences,Beijing 100049,China Abstract:The 16S rRNA (small subunit ribosomal RNA) gene is a universal marker for phylogenetic reconstructions to approximatethetreeof lifeowingtoitspresenceinallprokaryotesanditshighconservation.Sequencingof 16SrRNAgenes amplified directly from environmental samples is commonly used to study microbial community composition and d