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第二章 基因组 C值 基因组的大小通常以一个基因组中的DNA含量表示，称为生物体的C值； 不同物种的C值差别很大； C值和进化复杂性之间没有严格的对应关系，称C值悖理。 二、 人类基因组计划（Human Genome Project，HGP) 人类基因组计划最终目的是测定基因组的全部序列，弄清整个基因组的结构、功能及其表达产物，彻底了解人类生命活动本质。 人类染色体 HGP的主要任务 HGP的诞生 1984年12月Utah州的Alta,White R受美国能源部的委托，主持召开了一个小型会议，讨论DNA重组技术的发展及测定人类整个基因组的DNA序列的意义。 1985年6月，在美国加州举行了一次会议，美国能源部提出了“人类基因组计划”的初步草案。 1986年6月，在新墨西哥州讨论了这一计划的可行性。随后美国能源部宣布实施这一草案。 1987年初，美国能源部与国家医学研究院（NIH）为“人类基因组计划”下拨了启动经费约550万美元，1987年总额近1.66亿美元。同时，美国开始筹建人类基因组计划实验室。　　　　 1989年美国成立“国家人类基因组研究中心”。诺贝尔奖金获得者J.Waston出任第一任主任。 1990年，历经5年辩论之后，美国国会批准美国的“人类基因组计划”于10月1日正式启动。美国的人类基因组计划总体规划是：拟在15年内至少投入30亿美元，进行对人类全基因组的分析。 美国：WASH＆MIT等7家研究中心，贡献率为54％。 英国：SANGER一家研究中心，贡献率为33％。 日本：RIKEN等两家研究中心，贡献率为7％。 法国：GENOSCOPE研究中心，贡献率为2.8％。 德国：IMB等3家研究中心，贡献率为2.2％。 中国：北京华大研究中心、国家南北方基因研究中心 等三家，贡献率为1％。 二OOO年六月二十六日克林顿宣布人类基因草图绘制完成 基因数量少得惊人,只3.5万个. 人类基因组中存在“热点”和大片“荒漠”. 三分之一为“垃圾”DNA. 男性基因突变比例更高. 1.SNP概念： 是指基因组序列中的单核苷酸（A,T,C或G）改变时发生的DNA序列多态性。 人类基因组平均每100-1000碱基就有一个SNP。 个体之间单核苷酸的差异在群体中的频率1%。 人类基因组中总共约1000万个，构成了人类遗传多样性的90%。 SNPs的分类 从等位基因个数上分 二态SNP 多态SNP 从基因功能角度分 编码区SNP（cSNP） 同义(synonymous)SNP 非同义(non-synonymous)SNP 非编码区SNP SNP的频率参数 MAF Minor Allele Frequency 少数等位基因频率 常见位点MAF0.1 Heterozygosity 杂合度 Heterozygosity=2MAF(1-MAF) SNP的来源 SNPs来源于家系历史上的点突变的积累。 AAAA AATA CAAA AATA AATA CAAA CAAA AGTA AATA CAAG CAAA 考虑因素： 准确度； 通量 时间 花费 。。。。 RFLP 测序 Taqman 芯片 。。。 6.HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称， Haplo意为单一，在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条。Haplotype就是单条染色体中的一段，译作单体型(有人译作单倍型)，是描述遗传差异的一种主要方式。 HapMap计划建立了人类全基因组遗传多态图谱； 依据这张图谱我们可以进一步研究基因组的结构特点以及SNP位点在人群间的分布情况，为群体遗传学的研究提供数据，为遗传性疾病致病基因在基因组上的定位提供高密度的SNP位点。 大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率)，它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是只用少数几个标签SNPs，就能够提供该区域内大多数的遗传多态模式。 HapMap Browser 单倍型推定的方法 软件 Phase Haplotyper SHEsis 国际单体型图谱项目已经从来自数个不同人群测出超过百万个单核苷酸多态性。这次将初步工作的公布象征着单体型图谱工作的一个重大里程碑。项目旨在建立一个帮助研究者发现人类疾病及其对药物反应相关基因的公众资源。 标签SNPs （tagSNPs） 1a. Go to 1b. Select “Browse Project Data” 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis，RA)是一种自我免疫疾病，临床表现为慢性、多滑膜关节炎，累及手足小关节。该病主要病理特征表现为关节滑膜慢性炎症，软骨及软