基因调控网络的模块化组织的研究.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2008 1 , 30(1): 20−27 ISSN 0253-9772 综述 DOI: 10.3724/SP.J1005.2008.00020 1 1,2 2 王正华 , 刘齐军 , 朱云平 1. , 410073; 2. , 102206 摘要: 基因调控网络表现的是大量基因受到转录因子的调控而最终转录翻译为蛋白质进而实现生物功能的复 杂信息, 是人们理解生物过程和基因功能的重要内容。为了理解基因调控网络中的调控机理, 网络的拓扑结构 及其组织方式是极其重要的研究内容之一。它不仅能说明网络的局部特征, 并且能揭示调控网络的构造方法, 同时还能对调控信号通路进行全面系统的分析。调控网络可分为4 层结构: 调控元件、Motif 、模块和整个网络。 当前, 这种层次结构受到人们越来越多的认可。文中重点讨论 motif 和模块两层, 比较分析了近年来对网络组 织结构的多方面研究内容, 阐述了各个研究结果与结论具有的生物学意义, 并指出了其中存在的问题。在此基 础上, 文中还针对这些问题提出了可能存在的研究方向, 并展望了基因调控网络模块化组织的研究前景。 关键词: 基因调控网络; 网络motif; 网络模块; 模块化组织 Research on modular organization of gene regulatory network 1 1,2 2 WANG Zheng-Hua , LIU Qi-Jun , ZHU Yun-Ping 1. National Laboratory For Parallel Distributed Processing, National University of Deference and Technology, Changsha 410073, China; 2. State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteomics Research Center, Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 102206, China Abstract: Gene regulatory network is very important for researchers to understand biological processes and gene functions. It can deliver complex information about how could large amount of genes be regulated by transcriptional factors and trans- lated into proteins which can carried out biological functions. Generally, knowledge of network topological structure and organization formation can be used to find the regulatory mechanism of genes in the regulatory network. It can illuminate the local characters of