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多重PCR引物设计的软件开发第一章 引 言 1 1.1 背景知识简介 1 1.1.1多重PCR引物设计简介 1 1.1.2 遗传算法简介 2 1.2 相关文献综述 3 1.3 研究目的与成果 4 1.4 本章小结 5 第二章 问题分析 6 2.1 多重PCR引物设计问题的数学模型 6 2.2 载体算法的选择 6 2.3 本章小结 7 第三章 相关生物学参数简介及其数学模型 8 3.1 单个引物的约束参数 8 3.2 引物间的约束参数 11 3.3 本章小结 12 第四章 引物集评价体系 13 4.1 评价体系的数学模型 13 4.2 权值及其约束对象 14 4.3 本章小结 15 第五章 引物设计的遗传算法实现 17 5.1 算法结构总览 17 5.2 引物设计问题在遗传算法中的数学表示 17 5.3 初始化随机解集 18 5.4解的评估策略与双亲的选择 18 5.5 交叉策略及交叉率的选择 19 5.6 变异策略及变异率的选择 20 5.7 收敛条件 21 5.8 本章小结 21 第六章 GAPrimer 简介 22 6.1 软件功能与特点概述 22 6.2 软件操作结构图 22 6.3 软件默认参表 23 6.4 本章小结 24 第七章 实验结果及数据分析 25 7.1 实验结果：三重PCR引物设计 25 7.2 数据分析 25 7.3 本章小结 26 第八章 总结与展望 27 参 考 文 献 28 附 录 30  第一章 引 言 1.1 背景知识简介 聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)是体外扩增DNA的一种技术；其能够在短时间内根据极微量的模板序列扩增出大量特异性DNA片断，扩增过程类似于核裂变。Mullis博士在1983年发明了该技术，并因此于1993年获得诺贝尔化学奖。PCR技术是现代分子生物学中最有价值的技术之一[1]；例如：人类基因组计划，亲子鉴定，对罪犯DNA的鉴别，都依赖于这一技术。 在聚合酶链式反应中，原始的DNA片段称为模板序列；待复制的DNA片段称为目标序列，它是模板序列的一部分；引导目标序列合成的寡核苷酸片段称为引物，其长度一般在16-27之间。每个反应一般含20至40个循环，每次循环目标序列含量翻一倍；每个循环由三个主要步骤构成：1.变性（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下，氢键断裂，形成单链DNA；2.退火（25℃-65℃）：系统温度降低，引物与DNA模板结合，形成局部双链；3.延伸（70℃-75℃）：在Taq酶的作用下，以dNTP为原料，从引物的5′端→3′端延伸，合成与模板互补的DNA链。扩增一段目标序列需要两条引物，分别和目标序列的两端相匹配。引物的作用类似于电路里的开关，引物设计不好会导致产物杂乱无章（即扩增失败），因此引物设计是PCR成功的关键之一。引物设计需要综合考虑引物的退火温度，GC含量，引物长度，特异性等。现有的PCR引物设计软件已经非常成熟，可以达到较好的效果, 常用软件有PRIMER 3, PRIMER 5, OLIGO 6.0等。 多重聚合酶链式反应（多重PCR）是指在同一试管中同时进行多个PCR，从而一次性扩增多个目标片段，因此节省了大量的时间和金钱，具有巨大的经济和时间效应。由于引物之间以及引物与模板序列之间的相互干扰，一方面导致了多重PCR引物设计考虑因素增加，另一方面极大地增加了计算的空间和时间复杂度。同时多重PCR引物设计问题需要被当作一个整体考虑，不能被分割为多个PCR引物设计问题的简单组合[2]。现尚无完善的理论解决这一问题。综上所述，要实现多重PCR引物设计的自动化在实践中需要解决两个问题：一、多重PCR引物设计的约束条件与评价标准；二、载体算法的选择。 遗传算法是一种随机优化算法，用于求解问题的全局最优解，尤其是对非线性问题的全局搜索和最优化。该算法由美国密歇根大学的John Holland教授于80年代提出，其借鉴了达尔文优胜劣汰的思想，以及遗传过程中的染色体交叉与变异的概念。虽然遗传算法尚未被完全从理论上证明，但遗传算法已得到比较成熟的发展，并广泛地被成功应用于各类实际问题；Schema定理部分证明了该算法的[3]。 遗传算法主要步骤包括初始化，可行解的评估，交叉，变异，和收敛。每个步骤根据问题的性质与规模不同，均有多种策略可以选择。在实践中，要将遗传算法和问题结合需要解决如下几个问题：一、建立问题的数学模型并表示为数据结构；二、初始化策略的选择；三、挑选双亲与交叉策略的选择；四、变异策略的选择；五、收敛条件的选择；六、交叉率，变异率，初始解数目的选择。参见图1.1遗传算法流程图.  图1.1遗传算法流程图 1.2 相关文献综述 由于多重PCR引物设计问题尚未在算法理