分子标记技术：教案分析.pptVIP

一、分子标记的概述 广义的分子标记(molecular marker)是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。 蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶（指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式）及等位酶（指由同一基因位点的不同等位基因编码的酶的不同分子形式）。 狭义的分子标记概念只是指DNA标记，而这个界定现在被广泛采纳：能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段，它直接反映基因组DNA间的差异。 DNA指纹分析研究是一种重要的分子标记技术，它包括RFLP（restriction fragment length polymorphism）、RAPD（randomly amplified polymorphic DNA）、AFLP（amplified fragment length polymorphism）、SSR（simple sequence repeat）和ISSR（inter-simple sequence repeat）等这些在PCR基础上发展起来的检测DNA多态性的分子标记技术。 分子标记的优越性表现为：（1）分子信息是可遗传的，而只有在遗传上可传递的属性才能提供评估系统发育的信息；（2）数量极多，遍布整个基因组，可检测座位几乎无限；（3）分子标记能提供共同的尺度；（4）分子数据能将从共同祖先遗传下来的同源性和由于趋同进化从不同祖先演变而来的相似性区分开来表现为中性，不影响目标性状的表达；（5）任何生物有机质包括动物、植物和微生物有许多共同的分子属性，因此分子数据可提供共同尺度来直接比较任何有机体任何分类层次之间相对水平的遗传变异 ；（6）分子标记技术可应用于各个生物门类，并都可用于比较和综合分析。 分子标记的选择 理想的分子标记应该符合的标准是：多态性高；共显性遗传，在二倍体生物中能区分纯合与杂合状态；在基因组中频繁出现，甚至贯穿分布于整个基因组；选择中性；容易获得；容易操作，自动化程度高；重复性好；所获得的数据能进行交流和比较。 二、蛋白质标记 在蛋白质多态性研究基础上发展起来的分子标记技术称为蛋白质标记，最常用的技术是蛋白质电泳及与其配套的专一性染色，如曾经广为采用的等位酶分析，是通过同一基因位点上不同等位基因编码的同种酶的不同分子形式，使得酶谱分析具有相关的遗传学意义，酶谱的变化反应了等位基因和位点的变化。等位酶技术为植物的种群遗传学和进化研究作出了重要的贡献。但由于等位酶缺乏足够的变异，在技术上存在一定的局限性，如今已逐渐被DNA标记所取代。 三、DNA分子标记的种类 分子标记大多以电泳谱带的形式表现，大致可分为三大类。 第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术，包括： ★限制性片段长度多态性标记（Restriction fragment length polymorphism, 简称RFLP标记）； ★ DNA指纹技术（DNA Fingerprinting）； ★原位杂交（in situ hybridization）等； 第二类是以聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction ,简称PCR反应）为核心的分子标记技术，包括： ★随机扩增多态性DNA标记（Random amplification polymorphism DNA, 简称RAPD标记）； ★简单序列重复标记（Simple sequence repeat, 简称SSR标记）或简单序列长度多态性（Simple sequence length polymorphism, 简称SSLP标记）； ★扩展片段长度多态性标记（Amplified fragment length polymorphism, 简称AFLP标记）； ★序列标签位点（Sequence tagged sites, 简称STS标记）； ★序列特征化扩增区域（Sequence charactered amplified region, 简称SCAR标记）等； 第三类是一些新型的分子标记，如： ★单核苷酸多态性（Single nuleotide polymorphism, 简称SNP标记）； ★表达序列标签（Expressed sequences tags, 简称EST标记）等。 四、分子标记的特点 （1）直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题； （2）数