第三节蛋白质的结构分析报告.pptVIP

（二）蛋白质分子的形状和大小 估算蛋白质的相对分子质量 对于不含辅基的简单蛋白质，用110除它的相对分子质量即可约略估计其氨基酸残基的数目。 蛋白质中20种氨基酸的平均相对分子质量约为138，但在多数蛋白质中较小的氨基酸占优势。因此平均相对分子质量接近128。又因每形成一个肽键将除去一分子水（128-18）。 蛋白质分子量=氨基酸数目×110 二、肽 （一）肽和肽键的结构及命名 一个氨基酸的氨基与另一个氨基酸的羧基之间失水形成的酰胺键称为肽键，所形成的化合物称为肽。 由两个氨基酸组成的肽称为二肽，由多个氨基酸组成的肽则称为多肽。组成多肽的氨基酸单元称为氨基酸残基。 通常在多肽链的一端含有一个游离的?-氨基，称为氨基端或N-端；在另一端含有一个游离的?-羧基，称为羧基端或C-端。 氨基酸的顺序是从N-端的氨基酸残基开始，以C-端氨基酸残基为终点的排列顺序。如上述五肽可表示为： 肽和肽键的结构及命名 从五肽结构可以看出，肽链的骨干是由-N-Cα-C-序列重复排列而成，称为共价主链，这里N是酰胺氮，Cα是氨基酸残基的α碳，C是羰基碳。 各种肽的主链结构都是一样的，但侧链R基的序列不同。 肽键是一种酰胺键，通常用羰基碳和酰胺氮之间的单键表示。 肽链中的酰胺基（-CO-NH-）称为肽基（peptide group）或肽单位（peptide unit）. 肽键的特点是氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共振相互作用。 肽键具有部分双键的性质。 ①限制绕肽键的自由旋转，给肽主链的每一氨基酸残基只保留两个自由度：绕N-Cα键的旋转和绕Cα-C键的旋转。②组成肽基的4个原子和相邻的Cα原子倾向于共平面形成多肽主链的酰胺平面（amide plane），也称肽基平面或肽平面（peptide plane），肽键的这一性质在多肽链折叠成三维结构中是很重要的。③C-N的长度为0.133nm，比正常的C-N键（例如Cα-N键长为0.145nm）短，但比典型的C=N双键（0.125nm）长。④在大多数情况下，肽链中肽键以反式构型存在。 肽键具有部分双键性质，不能自由旋转。在大多数情况下，以反式结构存在。 （二）二面角( 参看P204 ) ?-碳是两个相邻酰胺平面的连接点，绕Cα-N键轴旋转的二面角（C-N-Cα-C）称为Φ，绕Cα-C键轴旋转的二面角（N-Cα-C-N）称为Ψ。 当Φ或Ψ旋转键所在酰胺平面的取向二等分H- Cα-R（侧链）平面，且该旋转键两侧的主链处于顺式构型时，规定Φ=0o ，Ψ=0o。 原则上Φ和Ψ可以取-180o--+180o之间的任一值。当Φ=180o ，Ψ=180o时， Cα的两个相邻肽单位将呈现充分伸展的肽链构象。 肽键C-N的部分双键性质其键长小于胺中的C-N （三）肽的性质 肽的化学反应与氨基酸一样，游离的?α-氨基﹑α-羧基﹑R基团可发生与氨基酸中相应基团类似的反应； 含有两个以上肽键的化合物在碱性溶液中与Cu2+生成紫红色到蓝紫色的络合物，称为双缩脲反应，可以测定多肽和蛋白质含量。 蛋白质氨基酸顺序的测定是蛋白质化学研究的基础。自从1953年F.Sanger测定了胰岛素的一级结构以来，现在已经有上千种不同蛋白质的一级结构被测定。 测定步骤： ①多肽链的拆分：由多条多肽链组成的蛋白质分子，必须先进行拆分。几条多肽链借助非共价键连接在一起，称为寡聚蛋白质，如，血红蛋白为四聚体，烯醇化酶为二聚体；可用8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍处理，即可分开多肽链(亚基)。 ②测定蛋白质分子中多肽链的数目：通过测定末端氨基酸残基的摩尔数与蛋白质分子量之间的关系，即可确定多肽链的数目。 ③二硫键的断裂：几条多肽链通过二硫键交联在一起。可在8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍存在下，用过量的?-巯基乙醇处理，使二硫键还原为巯基，然后用烷基化试剂保护生成的巯基，以防止它重新被氧化。可以通过加入盐酸胍方法解离多肽链之间的非共价力；应用过甲酸氧化法或巯基还原法拆分多肽链间的二硫键。 末端氨基酸测定的主要方法有： Edman 降解法 E. 羧肽酶法：羧肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的C-端逐个的水解。 根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，从而知道蛋白质的C-末端残基顺序。 目前常用的羧肽酶有四种：A，B，C和Y；A和B来自胰脏；C来自柑桔叶；Y来自面包酵母。羧肽酶A能水解除Pro，Arg和Lys以外的所有C-末端氨基酸残基；B只能水解Arg和Lys为C-末端残基的肽键。 ⑥多肽链断裂成多个肽段，可采用两种或多种不同的断裂方法将多肽样品断裂成两套或