第5章_蛋白质的三维结构解析：.ppt

第5章 蛋白质的三维结构 3-dimensional structure of proteins X-ray studies 5.2.1 氢键 Hydrogen bonds 氢键： 连在电负性强的半径小的原子上的氢原子与另一个电负性强的原子之间的相互作用。 x H···y x，y 的特点：?电负性强；?分子半径小；?有孤对电子 代表: N，O，S原子等 5.2.2范德华力van der Waals force 广义的范德华力包括三种弱的作用力： ?定向效应 ?诱导效应 ?分散效应 Hydrophobic interaction in proteins: Hydrophobic interactions are clearly important in stabilizing a protein conformation; The interior of a protein is generally a densely packed core of hydrophobic amino acid side chains. Ionic interactions 生理pH下，Asp、Glu侧链解离成负离子，Lys、Arg、His侧链解离成正离子 多数情况下，这些基团分布在球状蛋白质分子的表面，与水分子作用形成排列有序的水化层，稳定蛋白质的构象。 主链上只有α碳原子连接的两个键是单键，可自由旋转绕Cα-N旋转的-?角绕Cα-C旋转的?角这两个角称为二面角 多肽主链折叠的空间限制 5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 Secondary structure :The common regular folding patterns of the polypeptide backbone. 蛋白质的二级结构（概念）： 蛋白质的二级结构是指蛋白质主链的折叠产生的有规则的构象。 通过形成链内或链间氢键可以使肽链卷曲折叠形成各种二级结构元件，主要有?螺旋、?折叠片、?转角和无规卷曲。 复杂的蛋白质分子结构就由这些比较简单的二级结构元件进一步组合而成。 Protein Secondary structure 蛋白质二级结构的简化概念： 蛋白质的二级结构是指蛋白质主链折叠所产生的由氢键维系的规则构象。 Protein Secondary structure 蛋白质二级结构元件： Secondary structural elements ?螺旋 ??-Helix ?折叠片 ??- Pleated Sheet ?转角 ?? Turn 无规卷曲?Random coil α螺旋由氢键构成一个封闭环，其中包括三个残基，共13个原子， 3.613—螺旋 α螺旋的手性 蛋白质中的α螺旋几乎 都是右手的 (除胶原蛋白外)。 Two main β--turns 无规卷曲 这类有序的非重复性结构经常构成酶活性部位和其它蛋白质特异的功能部位，例如铁氧还蛋白和红氧环蛋白中结合铁硫串(iron-sulfur cluster)的肽环以及许多钙结合蛋白中结合钙离子的E—F手结构（E—F hand structure）的中央环。 二级结构是蛋白质主链的折叠产生的有规则的构象。 维系蛋白质二级结构的主要作用力是氢键，氢键存在于肽链主链之间而不是氨基酸侧链基团之间。 氨基酸残基侧链沿蛋白质二级结构的分布是有规律的。 不同的氨基酸对形成某种二级结构有一定的偏好，同时对形成某种二级结构有一定的排斥。 5.5 纤维状蛋白质 Fibrous proteins α-角蛋白与α-螺旋 ?－keratin and α-helix 丝心蛋白与β-折叠 Fibroin (the protein of silk) and ? sheet 胶原蛋白 Collagen ?－keratin and α-helix Fibroin and ? sheet Collagen Fibrous proteins Super-secondary structure 超二级结构和结构域 Super-secondary structure ( motif ) and Domain 超二级结构和结构域是位于二级结构和三级结构之间的两个层次，超二级结构的层次接近二级结构，而结构域的层次接近三级结构。 Super-secondary structures 结构域是球状蛋白质的独立折叠单位。 对于那些较小的球状蛋白质分子或亚基来说，结构域和三级结构是一个意思，这些蛋白质或亚基是 单结构域(Single doma