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生物信息学 ---数据库 数据库概述 数据库类型 数据库存储 数据库检索 生物信息学数据库概况 据2008《核酸研究》（Nucleic acid research）统计，全球共有1078个主要的分子生物学数据库，涵盖生物学研究的诸多领域，并逐渐向专门化、专业化方向发展。 《核酸研究》将生物信息数据库主要划分14大类-------- .Nucleotide sequence databases .Protein sequence databases .RNA sequence databases .Structure databases .Genomics databases .Metabolic and signaling pathways .Human and other vertebrate genomes .Human genes and diseases .Microarray data and other gene expression .Protein resources .Other molecular biology databases .Organelle databases .Plant databases .Immunological databases 生物信息学数据库类型 初级数据库：收录存贮生物信息学的基本数据资源，如核酸序列、蛋白结构、基因组信息等 次级数据库： 在初级数据库基础上整理、标注，为特定专业领域服务的派生数据库，如表达序列标记、微阵列、遗传疾病数据库等 系统生物学数据库：发展方向是构建包含完整生物信息的细胞、组织数据（模拟）系统，在更高层次上分析解释生命的基本规律 初级数据库 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 生物大分子三维结构数据库 基因组数据库 核酸序列初级数据库 以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库 1.GENBANK () 2.EMBL (http://www.ebi.ac.uk/embl ) 3.DDBJ(http://www.ddbj.nlg.ac.jp) 1998年，三大库共同成立国际核酸序列数据库协会（INSDC, ）. 蛋白质序列初级数据库 以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库 1. PIR –PSD(protein information resource-protein sequence database),由美国国家医学研究基金会1984年创建， 1988年，日本国际蛋白质信息库JIPID和德国蛋白质信息中心MIPS加入PIR，成立国际蛋白质信息中心（PIR-international） 蛋白质序列初级数据库 2.Swissprot 1986年创于瑞士日内瓦大学，（http://www.expasy.ch/sprot） 主要特点：可信度高；注释详细（包括蛋白质功能、序列、结构域的结构、翻译后修饰及其位点、突变体等） 3.TrEMBL 建立于1996年，是从EMBL的 cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库，相似的还有GENpept。 特点：序列条目来自核酸序列的翻译，但未经专家的注释、分析、核实，错误率较高。 蛋白质序列初级数据库 全球统一的蛋白质序列与功能数据库UniProt(通用蛋白质资源) ( ） 截止2008年8月，UniProt 共收录蛋白质序列6462751个 生物大分子结构初级数据库 以生物大分子荣各原子空间信息为基本内容的数据库 信息来源：对蛋白质晶体的X射线衍射、核主要磁共振及冷冻电镜分析而来 主要数据库：2003年美国Brookhaven国家实验室的PDB(protein data bank)倡导成立全球共享的---wwPDB(),截止2008年8月，共收录蛋白质结构52684个。 基因组数据库 包含某一物种的全基因组序列的专门数据库 人类基因组数据库（ ） 拟南芥基因组数据库() 水稻基因组数据库( http://rgp.dna.affrc.go.jp) 次级数据库 核酸序列数据库派生---如Genbank的refseq、unigene 、est、sts 蛋白序列、结构数据库派生库（包括蛋白家族、结构域和功能位点的信息）如Interpro数据库(http://www.ebj.ac.uk) GenBank 全球著名的生物信息综合数据库 1982年成立，包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与之有关的生物学信息和参考文献，由美国生物技术信息中心（NCBI)维护，是权威序列数据